經(jīng)常在基因組或其他組學(xué)文章中見到circos圖，但是并不知如何解讀？以及circos圖適用于哪類數(shù)據(jù)分析結(jié)果的展示？這里借助一篇推文，總結(jié)一下個人理解。
原文：如何優(yōu)雅地展示群落微生物數(shù)據(jù)|circos圖
物種與樣本關(guān)系展示
下面一張圖，拆解來看，有以下幾個需要關(guān)注的點(diǎn)：
- 數(shù)值：內(nèi)圈數(shù)值范圍，表示豐度或tag;外圈百分比，表示該物種內(nèi)樣本組成百分比；
- 分組信息：外圈顏色條長度表示對應(yīng)樣本占比；內(nèi)圈顏色條與對應(yīng)樣本顏色分組信息一致；
- 關(guān)系（內(nèi)圈連線粗細(xì)）：由下圖可發(fā)現(xiàn)，連線可理解為從物種出發(fā)，向各個樣本分散，或從各個樣本出發(fā)，向各個物種分散。因而表示物物種內(nèi)各樣本的組成關(guān)系，或者說是各個樣本在各個物種的分布信息。
那么，借助這種圖形展示方式，適用的研究分析包括，微生物群落研究中各樣本中物種組成分析，或者是關(guān)注的物種在各樣本的分布情況，哪些物種豐度可能存在組間/樣本間顯著差異。
功能關(guān)系circos圖
宏基因組分析中，對基因因注釋到的功能豐度信息與所相關(guān)的微生物之間的關(guān)系的展示，亦可通過circos圖展示。例如用CAZy數(shù)據(jù)庫對得到的基因進(jìn)行功能注釋，獲得各類消化酶的豐度信息，之后我們還可以將基因序列進(jìn)行物種比對，獲得物種信息，從而搭建起物種-功能的橋梁。
當(dāng)然，在circos圖內(nèi)嵌合其他分析圖表增強(qiáng)circos圖可解讀性也是可行的。
circos圖使用建議
1.Circos是一種高信息密度的圖形，對于信息量較大的數(shù)據(jù)展示是一個好選擇。
2.Circos圖形在微生物群落研究中可用于展示物種-樣本關(guān)系，也可以用來展示功能-物種關(guān)系。
3.Circos不局限于圈形圖形，可以將熱圖、氣泡圖等圖形進(jìn)行合并展示，從而進(jìn)一步提升展示的信息密度。
4.Circos圖適合用于數(shù)據(jù)均勻度適中的情況，對于分布較雜的數(shù)據(jù)（如屬水平微生物豐度）建議先進(jìn)行篩選后再使用circos圖進(jìn)行展示，有利于突出重點(diǎn)。
circos圖實現(xiàn)
關(guān)系追蹤函數(shù)：chordDiagram()
