ST Pipeline: an automated pipeline for spatial mapping of unique transcripts

我們終于可以看到單個細(xì)胞在組織中的狀態(tài)了，細(xì)胞生物學(xué)開啟spatial + 時代，spatial + 轉(zhuǎn)錄組/蛋白組/代謝組，然后是空間多組學(xué)。想想都怕，安心讀文獻。

SPATiAL

pipeline

其實看到這個pipeline的最后那張表我們就不怕了，就是把之前的單細(xì)胞的cell-gene矩陣轉(zhuǎn)化為xy-gene的矩陣，在其中xy是cell的坐標(biāo)，那么有單細(xì)胞分析經(jīng)驗的小伙伴不是得心應(yīng)手了嗎，分析方法可以用了呀。

ST Pipeline: an automated pipeline for spatial mapping of unique transcripts
st_pipeline||github
10X spatialtranscriptomics