們看看脂肪代謝組學(xué)和mRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，文章的謀篇布局。
文獻(xiàn)題目：脂質(zhì)組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定德州驢肌內(nèi)脂肪和內(nèi)臟脂肪組織的異質(zhì)性
背景：瘦肉里有脂肪，內(nèi)臟有脂肪，為什么瘦肉里的脂肪吃起來(lái)不那么油膩呢，口感更好，而且更營(yíng)養(yǎng)，是什么原因，研究一下脂肪的成分。
樣本：
處理組：3頭驢背最長(zhǎng)?。↙DM），脂代謝組和轉(zhuǎn)錄組；
對(duì)照組：3頭驢內(nèi)臟脂肪組織（VAT），脂代謝組和轉(zhuǎn)錄組。
分析結(jié)果
1.脂質(zhì)概況
? ? ?定性脂質(zhì)分析實(shí)現(xiàn)了IMF和VAT的良好分離(1A、B)，正離子和負(fù)離子模式下的OPLS-DA明顯分離(SA SB), 在驢LDM和VAT中分別鑒定出1146和1134種脂質(zhì)，屬于18個(gè)亞類(lèi)，主要包括甘油脂質(zhì)（GLs）、GP和SL（圖1C、D），LDM中TGs和二酰甘油（DG）的相對(duì)含量顯著低于VAT（p<0.001）....(思考：兩組代謝組整體質(zhì)控，分組，說(shuō)明兩組是有差異的，并做了大類(lèi)脂質(zhì)初步的比較）
2.脂肪酸的位置分布
? ? ?TGs中飽和脂肪酸（SFAs）的百分比含量（12:0、14:0、16:0和18:0）在sn-3位置高于sn-1和sn-2位置，而PC和PE中SFAs的百分比含量在sn-1位置更高。此外，LDM中TGs的sn-2和sn-3位置16:0、PC中sn-1和sn-2位置14:0的百分比顯著高于VAT（p＜0.001）。相反，PC和PE中LDM的兩個(gè)位置18:0的百分比明顯低于VAT（p＞0.001）（思考，比較兩組不同類(lèi)型的脂質(zhì)）
3.不同的脂質(zhì)分子和潛在的脂質(zhì)標(biāo)記物
?補(bǔ)充圖S2所示，110種脂質(zhì)被鑒定為不同的脂質(zhì)分子，其中與VAT相比，LDM中有72種下調(diào)，38種上調(diào)。（思考：做差異分析，找差異的脂質(zhì)物）
圖4A和補(bǔ)充表S2顯示了前11種鑒別脂質(zhì)的受試者工作特性（ROC）曲線(xiàn)和參數(shù)，ROC曲線(xiàn)下面積（AUC）為1，特異性為100%，對(duì)PC（O-18:2/18:2）、PC（O-18/2/18:1）、PC、PC（32:2）、PC和SM（d36:1）的敏感性為100%。這些潛在的脂質(zhì)標(biāo)記物包括5個(gè)PC、2個(gè)PE、2個(gè)PG、1個(gè)PI和1個(gè)SM，LDM中的歸一化強(qiáng)度顯著高于VAT，VAT中的歸一化密度接近0（圖4B–F）。（思考：ROC曲線(xiàn)分析，找標(biāo)志物）
4.脂質(zhì)代謝途徑
用KEGG途徑對(duì)110種脂質(zhì)進(jìn)行功能富集分析，顯示LDM和VAT之間存在顯著差異。這揭示了17種主要代謝途徑的顯著富集，包括花生四烯酸代謝、GP代謝、...（圖5A）。膽固醇代謝、脂肪消化吸收...是最相關(guān)的代謝途徑，如圖5B所示。GL和GP代謝如圖5C所示。GL代謝引起的DG和TGs在LDM中的表達(dá)顯著低于VAT（p<0.05），而GP代謝引起的PC、PE、PS、PG和LPE在VAT中的表達(dá)明顯低于LDM（p<0.05）。(思考，做代謝通路分析，并展示重要代謝通路)
5.脂質(zhì)代謝途徑中的基因表達(dá)
共鑒定出578個(gè)差異表達(dá)基因，其中與VAT相比，LDM中311個(gè)下調(diào)，267個(gè)上調(diào)（圖6A）。RNA-seq分析顯示，與VAT相比，LDM中GL和GP代謝相關(guān)基因的表達(dá)顯著下調(diào)，與VAT相比，LDM中的溶血磷脂酰甘油?；D(zhuǎn)移酶（LPGAT1）顯著上調(diào)（圖6B），差異表達(dá)基因的KEGG富集分析表明，調(diào)節(jié)GL、GP和鞘脂代謝以及脂肪酸降解的基因富集（圖6C）。如圖6D所示，使用KEGG途徑對(duì)GL和GP代謝進(jìn)行的功能富集分析顯示，與VAT相比，LDM中GL代謝相關(guān)基因的表達(dá)顯著降低（p<0.05），而GP代謝相關(guān)基因在LDM中的表達(dá)顯著增加（p<0.05）。（思考：RNAseq分析，找差異基因，代謝通路等）
全文思考：（1）做脂質(zhì)代謝組學(xué)，找二者的差異，（PCA差異，脂質(zhì)大類(lèi)差異，代謝物差異，代謝通路的差異，ROC曲線(xiàn)看標(biāo)志物）；
（2）做了一個(gè)代謝組學(xué)，找差異的基因，盡量跟代謝物能有些關(guān)聯(lián)。
文獻(xiàn)原文
Li M, Zhu M, Chai W,?(2021) Determination of the Heterogeneity of Intramuscular Fat and Visceral Adipose Tissue From Dezhou Donkey by Lipidomics and Transcriptomics Profiling.?Front. Nutr.?8:746684. doi: 10.3389/fnut.2021.746684
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