? ? ? ?Amber是專(zhuān)門(mén)針對(duì)生物分子系統(tǒng)模擬而開(kāi)發(fā)的分子動(dòng)力學(xué)應(yīng)用程序，AMBER 支持 GPU 加速，可運(yùn)行顯式溶劑 PME 和隱式溶劑 GB 模擬。AMBER 在NVIDIA GPU 上的運(yùn)行速度比僅使用 CPU 的系統(tǒng)快 15 倍，從而使用戶運(yùn)行生物分子模擬的時(shí)間從幾天縮短到幾小時(shí)。
（一）Amber分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件計(jì)算特點(diǎn)
Amber分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件由AmberTools19和Amber18組成，其中：
AmberTools 19（開(kāi)源的）是由幾個(gè)獨(dú)立開(kāi)發(fā)的軟件包組成，這些軟件包可以單獨(dú)使用，也可以與Amber18一起使用。該套件還可以用于使用顯式水模型或廣義Born溶劑模型進(jìn)行完整的分子動(dòng)力學(xué)模擬，包含：
? Sander：用于分子動(dòng)力學(xué)模擬的主力程序，包括組合的量子力學(xué)/分子力學(xué)（QM / MM）功能，不支持GPU加速
? tleap and parmed：用于Amber模擬的基本準(zhǔn)備工具
? NAB / sff：一種語(yǔ)言環(huán)境，用于編寫(xiě)專(zhuān)門(mén)處理分子結(jié)構(gòu)的程序?；诜肿恿?chǎng)計(jì)算和距離幾何的建模
? antechamber和MCPB：創(chuàng)建用于一般有機(jī)分子和金屬中心的力場(chǎng)的程序
? sqm：半經(jīng)驗(yàn)和DFTB量子化學(xué)程序
? pbsa：執(zhí)行Poisson-Boltzmann模型的數(shù)值解(支持GPU 加速)
? 3D-RISM：求解積分方程模型以進(jìn)行溶劑化
? mdgx：一個(gè)主要通過(guò)參數(shù)擬合來(lái)突破Amber MD界限的程序。還包括可自定義的虛擬站點(diǎn)和顯式的溶劑MD功能。
? cpptraj和pytraj：分析軌跡結(jié)構(gòu)和動(dòng)力學(xué)的工具
? MMPBSA.py和Amberlite：基于能量的MD軌跡分析
? ? ? ?Amber18（商業(yè)版）軟件包通過(guò)添加PMEMD程序在AmberTools18上構(gòu)建，支持GPU加速，該程序類(lèi)似于AmberTools中的sander（分子動(dòng)力學(xué)）代碼，但在多個(gè)CPU上提供了更好的性能，并在GPU上顯著提高了速度。
關(guān)于GPU計(jì)算卡
支持顯卡型號(hào)
游戲卡類(lèi)：Titan RTX、RTX 2080Ti、RTX2080S、RTX2070S、RTX2060S
專(zhuān)業(yè)卡類(lèi)：Titan V、Tesla V100、Quadro GV100
GPU卡求解規(guī)模：
Amber GPU加速測(cè)試：
（二）Amber分子動(dòng)力模擬計(jì)算硬件配置推薦
