Dgenesis可視化paf格式的比對文件

https://dgenies.toulouse.inra.fr/install

可以直接使用在線版 或者也可以本地安裝

windows版直接下載安裝包，安裝就可以

啟動軟件是啟動瀏覽器的頁面

image.png

3 個輸入文件

第一個是minimap2比對的paf格式問價

第二個和第三個是fasta的idx文件，可以利用腳本

https://raw.githubusercontent.com/genotoul-bioinfo/dgenies/v1.2.0/src/dgenies/bin/index.py

生成這個文件

python index.py -i input.fa -n abc -o input.idx

i 是fasta的文件路徑
n 是自己隨便起的
o 是輸出文件的路徑

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