全玻片掃描切片的使用教程-Qupath分析免疫熒光的細(xì)胞計(jì)數(shù)和分類(lèi)

關(guān)于全玻片掃描軟件的使用教程

1.打開(kāi)并新建一個(gè)工程

打開(kāi)后的界面


新建一個(gè)project

創(chuàng)建一個(gè)新的工程文件將需要選擇一個(gè)儲(chǔ)存位置,一般新建一個(gè)空的文件夾,在這個(gè)文件夾中將會(huì)有下面這些文件,其中project.qpproj就是我們的工程文件,下次打開(kāi)只需要將這個(gè)文件拖進(jìn)軟件即可打開(kāi)導(dǎo)入進(jìn)去的圖片。


工程文件夾

2.加入圖片


按順序添加圖片


選擇圖片類(lèi)型并導(dǎo)入

3.查看圖片并選擇感興趣的區(qū)域

雙擊點(diǎn)開(kāi)想要查看的圖片,并且選擇圖片類(lèi)型——熒光

打開(kāi)圖片

設(shè)置圖片的強(qiáng)弱參數(shù)

①點(diǎn)擊太陽(yáng)圖片標(biāo)調(diào)出各個(gè)通道的調(diào)節(jié)參數(shù)

②點(diǎn)擊顏色方塊切換到每個(gè)通道對(duì)應(yīng)的顏色

③調(diào)節(jié)Channel min 和Channel max的值來(lái)讓每一個(gè)通道的顏色深淺合適,也可以點(diǎn)擊后方的數(shù)字直接輸入數(shù)值來(lái)改變強(qiáng)弱。

④設(shè)置完成后可以點(diǎn)擊setting后面的Save鍵,將此通道的設(shè)置條件保存一下,后續(xù)就可以在setting里面下拉選擇設(shè)置好的條件。


調(diào)整參數(shù)

4.圈出感興趣的區(qū)域(ROI)

根據(jù)需要選擇不同的工具,這里使用Polygon來(lái)畫(huà)圈,點(diǎn)擊鼠標(biāo)左邊即可獲得一個(gè)頂點(diǎn),雙擊結(jié)束畫(huà)圈。

選擇ROI

為選中的ROI命名:

命名ROI



5.依據(jù)DAPI細(xì)胞數(shù)目自動(dòng)計(jì)算


cell detection


參數(shù)設(shè)置


顯示分割結(jié)果


5.機(jī)器自動(dòng)學(xué)習(xí)細(xì)胞分類(lèi)



訓(xùn)練insulin陽(yáng)性和glucagon陽(yáng)性細(xì)胞


訓(xùn)練其他細(xì)胞
結(jié)果查看

6.導(dǎo)出數(shù)據(jù)

最后編輯于
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成,瀏覽時(shí)請(qǐng)結(jié)合常識(shí)與多方信息審慎甄別。
平臺(tái)聲明:文章內(nèi)容(如有圖片或視頻亦包括在內(nèi))由作者上傳并發(fā)布,文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點(diǎn),簡(jiǎn)書(shū)系信息發(fā)布平臺(tái),僅提供信息存儲(chǔ)服務(wù)。

友情鏈接更多精彩內(nèi)容