共線性分析（Synteny analysis）及可視化
基因家族流程：基因家族分析（一）
基因家族流程：基因家族分析（二）
基因家族流程：基因家族分析（三）
基因家族流程：基因家族分析（四）
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參照我以前的推文：MCScanX安裝、報錯解決方法及簡單使用
如果對MCScanX對家族基因分類不滿意，因?yàn)闆]有轉(zhuǎn)座子復(fù)制，可以選擇用MCScanX-transposed，可以探別轉(zhuǎn)座復(fù)制的基因。
MCScanX-transposed安裝及使用
利用Circos可視化共線性結(jié)果
1.簡介
Circos 是一個Perl語言開發(fā)的自由可視化軟件，使用GPL協(xié)議分發(fā)，以繪制輸出圈圖(原型)。下載地址：http://circos.ca/software/download/circos/
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2.安裝
1.第一次安裝需要安裝circos畫圖的perl模塊，根據(jù)報錯一個個裝，最好是有sudo權(quán)限裝，不然很麻煩，
2.沒有權(quán)限可以選擇windows下使用
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3.數(shù)據(jù)文件準(zhǔn)備
- chr文件（參看circos中data下的核型文件）
- text文件
-
link文件
[圖片上傳中...(11.png-394ba1-1554724183006-0)]
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4.其他詳細(xì)參數(shù)參看Circos從入門到精通 -
CSDN博客：https://blog.csdn.net/u014182497/article/details/52513269
5.結(jié)果，需要配置文件
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