對(duì)生物狗來(lái)說(shuō)（起碼對(duì)我來(lái)說(shuō)），學(xué)python的目的是解決一些生物學(xué)上的問(wèn)題。那么這有一個(gè)軟件叫Biopython（官網(wǎng)https://biopython.org/），這個(gè)軟件可以幫助我們實(shí)現(xiàn)這一目的。關(guān)于這個(gè)軟件的使用說(shuō)明，非常長(zhǎng)，如下：

《Biopython-Biopython Tutorial and Cookbook》
英文版下載地址：http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf（英文版，2019年12月更新版）
中文版地址：https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html（注意中文版是根據(jù)英文版2013年版更新的教程翻譯的）

本文只記錄重點(diǎn)內(nèi)容，最好還是自己看一下英文原版，練習(xí)英語(yǔ)的同時(shí)你也可以發(fā)現(xiàn)對(duì)于你來(lái)說(shuō)最重要的部分！

第一章 介紹

（一）安裝Biopython
這我只說(shuō)最簡(jiǎn)單的安裝方法，前提是你的電腦已經(jīng)安裝了Python（并且安裝了pip和numpy）。教程里關(guān)于安裝這一塊也是只有一行代碼，是的，你沒(méi)看錯(cuò)，只有一行代碼：

>>> pip install biopython

（二）如何查看Biopython是否可以運(yùn)行
首先你要先啟動(dòng)你的python：

$ python
Python 3.6.3 |Anaconda, Inc.| (default, Oct 13 2017, 12:02:49) 
[GCC 7.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Bio ##調(diào)用你的Biopython軟件
>>> print(Bio.__version__)  #查看你的Biopython軟件版本號(hào)
1.76

如果你這兩步?jīng)]有報(bào)錯(cuò)，那么恭喜你，安裝成功了。如果沒(méi)有安裝成功，那么在“import Bio”這一步就會(huì)報(bào)錯(cuò)。

如果你按照上面的步驟，卻無(wú)法成功安裝的話，請(qǐng)看這里：https://biopython.org/wiki/Download
這里給你提供了很多種安裝方法。

第二章 快速開(kāi)始你的Biopython學(xué)習(xí)旅程（兩個(gè)例子）

因?yàn)樵趯W(xué)習(xí)過(guò)程中需要鏈接很多數(shù)據(jù)庫(kù)，所以請(qǐng)保持網(wǎng)絡(luò)的暢通！
（1）如何獲得互補(bǔ)序列和反向互補(bǔ)序列
在生物信息學(xué)里，序列是一個(gè)中心的對(duì)象了。在Biopython里，處理序列用Seq對(duì)象。
來(lái)幾句最簡(jiǎn)單的代碼先體會(huì)一下：

#先打開(kāi)你的python，我這里是linux系統(tǒng)，直接在ubuntu里打開(kāi)的
$ python
Python 3.6.3 |Anaconda, Inc.| (default, Oct 13 2017, 12:02:49) 
[GCC 7.2.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> my_seq = Seq("AGTACACTGGT")
>>> my_seq
Seq('AGTACACTGGT')
>>> my_seq.complement()
Seq('TCATGTGACCA')
>>> my_seq.reverse_complement()
Seq('ACCAGTGTACT')

上面可以看到，很簡(jiǎn)單的代碼可以得到一個(gè)序列的互補(bǔ)序列和反向互補(bǔ)序列。
（2）如何將獲取多條fasta中相同的序列
練習(xí)數(shù)據(jù)在這里：https://raw.githubusercontent.com/biopython/biopython/master/Doc/examples/ls_orchid.fasta

>>> from Bio import SeqIO
>>> for seq_record in SeqIO.parse("/media/yanfang/FYWD/Bioinformatic/Biopython/example.fasta","fasta"):
...     print(seq_record.id) #獲取每一個(gè)fasta基因的名稱(chēng)
...     print(repr(seq_record.seq))
...     print(len(seq_record))

然后你會(huì)得到如下結(jié)果：

gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533
Seq('CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGG...CGC', SingleLetterAlphabet())
740
.
.
.#這里省略很多行
gi|2765564|emb|Z78439.1|PBZ78439
Seq('CATTGTTGAGATCACATAATAATTGATCGAGTTAATCTGGAGGATCTGTTTACT...GCC', SingleLetterAlphabet())
592

同樣，對(duì)于從Genebank下載的文件該怎么做？你可以在這里下載練習(xí)數(shù)據(jù)：https://raw.githubusercontent.com/biopython/biopython/master/Doc/examples/ls_orchid.gbk
代碼幾乎一樣：

>>> from Bio import SeqIO
>>> for seq_record in SeqIO.parse("/media/yanfang/FYWD/Bioinformatic/Biopython/ls_orchid.gbk", "genbank"):
...     print(seq_record.id)
...     print(repr(seq_record.seq))
...     print(len(seq_record))

而你得到的結(jié)果是這樣的：

Z78533.1
Seq('CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGG...CGC', IUPACAmbiguousDNA())
740
......
Z78439.1
Seq('CATTGTTGAGATCACATAATAATTGATCGAGTTAATCTGGAGGATCTGTTTACT...GCC', IUPACAmbiguousDNA())
592

當(dāng)然Biopython還可以干更多的事情，比如練習(xí)數(shù)據(jù)庫(kù)，都會(huì)在說(shuō)明書(shū)后面的章節(jié)里提到。