下列腳本表示對(duì)物種為牛的mydata_raw SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控。

plink
--cow \
--file mydata_raw \ # --bfile mydata_raw
--mind 0.1 \    # 刪除分型缺失率大于某閾值的個(gè)體
--geno 0.05 \   # 刪除分型缺失率大于某閾值的位點(diǎn)
--maf 0.01 \    # 刪除次等位基因頻率低于某閾值的位點(diǎn)
--hwe 0.000001 \ # 刪除HW平衡檢驗(yàn)p值低于某閾值的位點(diǎn)
--recode \
--out mydata_raw_qc \
--noweb