iGEMDOCK是一個(gè)臺灣產(chǎn)的分子對接軟件，其優(yōu)勢是簡單易用，對接準(zhǔn)確度較高，可以用于初篩和精度對接，也可用于金屬對接（注：未試）。最后更新為2008年，但對接軟件近幾年發(fā)展緩慢，基本沒有什么新的算法產(chǎn)生。
其完整手冊可從此下載：點(diǎn)我下載
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1.安裝

windows

直接打開即可

linux

賦權(quán)

chmod 755 iGemdock/bin/*

執(zhí)行腳本

cd iGemdock/bin/
.iGemdock.sh

2.界面簡單介紹

其界面主要有四個(gè)模塊，如圖

iGEMdock界面

A為主界面，B為對接設(shè)置界面，C為界面簡單分析界面，D為查看界面（PS：其自帶的分析查看界面太丑了，建議用別的軟件查看）

其主要對接流程圖如下：

流程

3.受體準(zhǔn)備

iGEMdock定義結(jié)合腔不怎么好定義，雖然提供了一個(gè)swiss-viewer方法但是個(gè)人覺得不好用。若你是AutoDock ** 轉(zhuǎn)來的朋友，可以將之前的結(jié)果用之前文章使用的蛋白配體切割器進(jìn)行切割優(yōu)化。
如果是復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)也可以直接使用。如果無法使用，可打開pdb文件，查找是否有HET標(biāo)簽，若沒有加上HET+配體名字+鏈+編號（具體可查看蛋白配體切割器那一章）iGEMDOCK會讀取ATOM標(biāo)簽和HETATM標(biāo)簽，所以重要的在活性腔中的水原子可以保留，使得對接結(jié)果可能更精確（注：個(gè)人覺得也不一定，水是動態(tài)的說，可能適得其反），如下是一個(gè)復(fù)雜受體例子：

4.png

為了區(qū)分一般原子和配體原子，需要在81位標(biāo)記P作為一般特異性原子的標(biāo)識。
后打開Prepare Binding Site按鈕

3.png

3. 配體準(zhǔn)備

支持PDB，MOL和MOL2三種格式。
點(diǎn)擊Prepare Compounds即可使用

4.運(yùn)行iGEMDOCK

主要設(shè)置對接的精確度和速度，如果做篩選就選快速對接，如果單個(gè)配體可以采用精確對接。

5.png

6.png

5.注意事項(xiàng)

若需要進(jìn)行用這個(gè)軟件對接推薦還是完整的看一下文檔內(nèi)容。這里做一些注意事項(xiàng)
iGEMdock自己不能進(jìn)行自動的扭轉(zhuǎn)鍵設(shè)置，設(shè)置主要來自于SINGLE標(biāo)簽標(biāo)記，如下:

事項(xiàng)

對接后的結(jié)果標(biāo)記
氫鍵 (H), 電荷能 (E) 和范德瓦爾力 (V)，其余的可以查看原始參考文獻(xiàn)
Proteins, vol. 55, pp. 288-304, 2004
其有一張圖詳細(xì)介紹了聯(lián)系類型，我覺得解釋的很棒很直觀：

不同類型聯(lián)系

分析結(jié)果界面如下：

結(jié)果界面

還有成簇分析等等功能，具體可以查看文檔文件26頁。

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