給FASTA文件建立索引的目的是為了更快速的訪問(wèn)序列文件的某一特定的內(nèi)容。比如，可以通過(guò)指定基因組中的具體某個(gè)染色體上的某段位置，來(lái)找到其對(duì)應(yīng)的序列。

實(shí)現(xiàn)方法是通過(guò)samtools工具中的faidx命令來(lái)執(zhí)行。

首先需要對(duì)原始的FASTA文件生成索引文件：

```

samtools faidx <文件名>

```

之后就會(huì)在相應(yīng)的目錄中生成一個(gè)與FASTA同名，并以.fai結(jié)尾的文件，這個(gè)文件即是對(duì)應(yīng)的索引文件。

然后 我們就可以通過(guò)位置進(jìn)行查找了：

```bash

samtools faidx <in.fa> <region>

```

<in.fa>即是FASTA 文件名，<region>的格式是染色體號(hào)：其實(shí)堿基位置-結(jié)束堿基位置

如：

```bash

samtools faidx Mus.....8.fa 8:123407082-123410744?

```

即是Mus..8.fa這個(gè)FASTA文件中，找8號(hào)染色體上，123407082到123410744位置之間的堿基序列。

支持同時(shí)寫(xiě)多個(gè)序列<region>同時(shí)查找。