關(guān)于Hash實(shí)現(xiàn)的索引法短序列匹配的要點(diǎn)

0.寫在前面：

此文章主要是寫在pages上面的，一些內(nèi)容如果重新再用markdown寫一遍的話會(huì)比較麻煩，比如一些公式下標(biāo)什么的，所以采用貼圖的方式了。
本文主要是關(guān)于一些論文內(nèi)容的討論（具體參見參考資料），提出了一些問題，闡述了一些方法。

`限于本人水平有限，如有錯(cuò)誤請(qǐng)留言，不勝感激！

參考資料：

2009-BFAST: An Alignment Tool for Large Scale Genome Resequencing

2011-Accelerating Next Generation Genome Reassembly Alignment Using Dynamic Programming Algorithms in FPGAs

2011-An FPGA Acceleration of Short Read Human Genome Mapping

2012-Hardware Acceleration of Short Read Mapping

2013-An acceleration method of short read mapping using FPGA

2014-FPGA acceleration of short read mapping based on sort and parallel comparison

2014-FPGA Accelerator for DNA Sequence Alignment Based on an Efficient DataDependent Memory Access Scheme

2015-A Variable Length Hash Method for Faster Short

2016-Minimap and miniasm: fast mapping and de novo assembly for noisy long sequences.

2016-Optimized and Portable FPGA-Based Systolic Cell Architecture for Smith-Waterman-Based DNA Sequence Alignment

2017-A Fast and Accurate FPGA System for Short Read Mapping Based on Parallel Comparison on Hash Table

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