circos 是一款perl 語言開發(fā)的畫圖軟件，提供了染色體相關(guān)數(shù)據(jù)的一種可視化方式。其制作的圖表精美，被科研工作者廣泛使用。
官網(wǎng)如下：
http://circos.ca/
首先看下安裝過程，官網(wǎng)上提供了3種壓縮包
- 軟件源代碼壓縮包
- 使用手冊的壓縮包
- 相關(guān)工具的壓縮包
軟件源代碼是我們安裝過程中需要用到的，使用手冊是官網(wǎng)提供的為了幫助我們學(xué)習(xí)使用circos而開發(fā)的包，相關(guān)工具是一些circos的腳手架，也可以稱為擴(kuò)展工具。
在下圖中，circos-0.69.6.tgz就是源代碼的安裝包，circos-tutotials-9.67.tgz就是使用手冊的安裝包, circos-tools-0.22.tgz就是相關(guān)工具的壓縮包。
http://circos.ca/software/download/
安裝時(shí),我們只需要使用源代碼的安裝包就可以了。由于是使用perl 語言開發(fā)的，所以不需要編譯。只需要下載解壓縮即可，具體過程如下：
wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xzf circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69
解壓縮之后就可以了。安裝好之后，可以用自帶的例子測試一下
cd circos-0.69/example/
../bin/circos -conf etc/circos.conf
運(yùn)行成功之后，會在當(dāng)前目錄生成circos.png和circos.svg兩張圖片
如果上述圖片正常生成了，說明circos安裝成功，可以使用了。
如果沒有正常生成，說明缺少一些模塊。下面命令可以查看依賴的perl 模塊是否都安裝成功了，缺少哪個(gè)模塊，安裝哪個(gè)模塊就可以了。
circos -modules
ok ? ? ? 1.38 Carp
ok ? ? ? 0.39 Clone
ok ? ? ? 2.63 Config::General
ok ? ? ? ?3.3 Cwd
circos的命令非常簡單，只需要提供一個(gè)配置文件circos.conf就行了，程序會根據(jù)配置文件，自動讀取數(shù)據(jù)和相關(guān)配置，然后生成圖片。學(xué)習(xí)circos的過程，實(shí)際上就是理解conf配置文件中，每項(xiàng)配置的含義和作用。
用于測試的這個(gè)配置文件是用于炫技的，充分展示了circcos 的強(qiáng)大，但是并不適用于circos的學(xué)習(xí)。在官網(wǎng)還很貼心的提供了circos-tutotials-9.67.tgz包，這個(gè)包中提供了大量的配置文件的示例，由淺入深將circos的所有功能進(jìn)行展示，在學(xué)習(xí)的過程中，直接看這個(gè)包里的內(nèi)容就可以了。
官網(wǎng)還提供了一個(gè)更加詳盡的教程，網(wǎng)址如下
http://circos.ca/tutorials/lessons
