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這篇NC文章的figureS2展現(xiàn)的是樣本的信息圖，官方的說(shuō)法是樣本時(shí)間序列圖，很多臨床樣本在SCI文章中的展示都是采用這種形式。但是這個(gè)圖并不僅僅可以用于臨床樣本的展示，在實(shí)踐中，做動(dòng)物的，不同時(shí)間點(diǎn)做處理的也可以考慮這樣做，重點(diǎn)是自己動(dòng)腦子。

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那么如何實(shí)現(xiàn)這個(gè)圖呢？我們看本質(zhì)，這個(gè)圖的本質(zhì)是柱狀圖，所以從這里入手，再修飾。畫(huà)圖還是用ggplot2。

由于文章中沒(méi)有提供具體數(shù)據(jù)，所以我自己虛構(gòu)了數(shù)據(jù)，主要是為了演示。

setwd("D:/生物信息學(xué)")
A <- read.csv("A.csv",header = T)
library(ggplot2)
library(paletteer)

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首先，畫(huà)基本柱狀圖，將兩部分柱狀圖畫(huà)出來(lái)！

p <- ggplot(A, aes(x=end, y=Sample,fill=stage)) + 
  geom_bar(stat="identity",position="stack")+
  scale_fill_manual(values = c("#FF6633","#3366CC"))+
  labs(title = "Asymptomatic", y="", x = "Time (Days)")+
  theme(panel.background =element_blank())+
  theme(axis.line=element_line(colour="black", size = 0.5))
 p

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之后，再用geom_point將點(diǎn)加入到柱狀圖上！

p1 <- p+ geom_point(aes(x=mRNA, y=Sample), color="#3da742", size=3.5, shape=21,stroke = 2,fill="yellow")
  geom_point(aes(x=protein, y=Sample),color="red",size=3.5, shape=24,stroke = 2,fill="grey")
p1

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但是做到這里這個(gè)圖形還是與文章不同，好像是坐標(biāo)軸和字體，我們進(jìn)行修改下，將y軸靠近柱狀圖，最終效果如下。

p2 <- p1 + theme(axis.title = element_text(face = "bold"), 
        plot.title = element_text(face = "bold"), 
        legend.title = element_text(face = "bold"))+
  scale_x_continuous(limits = c(0,60),expand = c(0,0))+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 10))+
  theme(axis.text.y = element_text(size = 12))
p2

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最終有一個(gè)問(wèn)題沒(méi)有解決，那就是legend，不能像文章中那樣，點(diǎn)和柱狀圖分開(kāi)，目前只能手動(dòng)修飾，不知道有么有好的辦法，歡迎提供建議?。?！

最后，我想升華下本章的內(nèi)容，第一是R畫(huà)圖點(diǎn)的形狀復(fù)習(xí)，這是最基本的，但是小編在操作中有些忘記了，所以翻了書(shū)本，先將其截圖記憶一下！

image.gif

第二，我發(fā)現(xiàn)2020年的cell文章主圖中也有這種圖，可見(jiàn)這種題的常用性?？梢阅M這篇文章的數(shù)據(jù)將這個(gè)內(nèi)容學(xué)習(xí)一遍，深入理解！

image.gif

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最后，制作不易，想要獲取示例數(shù)據(jù)學(xué)習(xí)的小伙伴，打賞并截圖，聯(lián)系作者可以獲取數(shù)據(jù)以及詳細(xì)的代碼注釋?zhuān)。。?/p>