作者，追風(fēng)少年i
周四了，有同學(xué)結(jié)婚，送上祝福，如果女?huà)z造人的時(shí)候也給我捏了個(gè)對(duì)象，那也祝福我們，沒(méi)有那算了。
今天我們來(lái)分享時(shí)空多樣本聚類分析導(dǎo)論，關(guān)于多樣本聚類分析，單細(xì)胞數(shù)據(jù)是很常見(jiàn)的手段，不同的群代表了不同的細(xì)胞類型，依據(jù)經(jīng)典的marker gene可以定義每個(gè)cluster，無(wú)論是單核還是單細(xì)胞，分析注釋的結(jié)果圖類似下圖：
單細(xì)胞注釋
那么我們來(lái)討論關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的聚類結(jié)果，空間轉(zhuǎn)錄組最開(kāi)始分析的時(shí)候幾乎完全按照單細(xì)胞的思路，把每個(gè)spot當(dāng)成單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析的每個(gè)細(xì)胞，二維坐標(biāo)一般不使用TSNE和UMAP，空間本身的坐標(biāo)就是最好的詮釋，如下圖：
空間聚類
按照單細(xì)胞的思路，每個(gè)群代表了一種細(xì)胞類型，最開(kāi)始有老師這么做，沒(méi)有一個(gè)可以成功，因?yàn)楸旧砻總€(gè)spot含有多個(gè)細(xì)胞，組織作為一個(gè)混合統(tǒng)一體，細(xì)胞之間是一種相互混合的狀態(tài)，所以不可能按照這個(gè)思路來(lái)分析空間的聚類信息。
當(dāng)然了各個(gè)軟件的官網(wǎng)也只是相互借鑒，簡(jiǎn)單的展示了空間的降維聚類的分析結(jié)果，例如Seurat，給出了空間的聚類結(jié)果信息：
空間聚類
但是Seurat并沒(méi)有過(guò)多的解釋什么，沒(méi)有說(shuō)明每個(gè)聚類代表了什么，當(dāng)然作者也知道不可能代表了某種細(xì)胞類型，所以在教程中寫(xiě)入了單細(xì)胞空間聯(lián)合分析的方法與結(jié)果，表征每種細(xì)胞類型在空間上的分布，如下圖：
單細(xì)胞空間聯(lián)合分析
