CIBERSORTx 是一種強(qiáng)大的工具，用于從混合組織樣本中推斷細(xì)胞類型組成。目前，CIBERSORTx 主要通過(guò)其在線平臺(tái)提供服務(wù)，但也提供了離線使用的選項(xiàng)，主要通過(guò) Docker 容器進(jìn)行部署。以下是詳細(xì)的離線使用指南：

?? 離線使用 CIBERSORTx 的方法

1. 安裝 Docker

CIBERSORTx 的離線版本依賴于 Docker 容器。請(qǐng)根據(jù)您的操作系統(tǒng)安裝 Docker：

• Windows 和 macOS：下載并安裝 Docker Desktop。

• Linux：請(qǐng)根據(jù)您的發(fā)行版安裝 Docker，詳細(xì)指南可參考 Docker 官方文檔。

安裝完成后，確保 Docker 正常運(yùn)行，并在終端中驗(yàn)證安裝：

docker --version

2. 獲取 CIBERSORTx Docker 鏡像

CIBERSORTx 提供了多個(gè)功能模塊的 Docker 鏡像，您可以根據(jù)需要下載相應(yīng)的鏡像。例如，要獲取用于細(xì)胞比例估計(jì)的 Fractions 模塊，可以使用以下命令：

docker pull cibersortx/fractions

image.png

請(qǐng)注意，某些鏡像可能需要從 CIBERSORTx 官方網(wǎng)站 獲取訪問(wèn)令牌（token）。您需要注冊(cè)賬戶并登錄以獲取相應(yīng)的令牌。

3. 準(zhǔn)備輸入文件

CIBERSORTx 需要以下輸入文件：

• 混合樣本表達(dá)矩陣（Mixture file）：每行代表一個(gè)基因，每列代表一個(gè)樣本，建議使用 TPM 或 CPM 格式。

• 簽名矩陣（Signature matrix）：代表已知細(xì)胞類型的表達(dá)特征。您可以使用官方提供的 LM22 矩陣，或根據(jù)自己的單細(xì)胞數(shù)據(jù)構(gòu)建自定義簽名矩陣。

確保輸入文件為制表符分隔的文本文件（.txt），并且沒有缺失值。

4. 運(yùn)行 CIBERSORTx

以下是使用 Docker 運(yùn)行 CIBERSORTx Fractions 模塊的示例命令：

docker run --rm -v /path/to/your/data:/data cibersortx/fractions \
  --mixture /data/mixture_file.txt \
  --sigmatrix /data/signature_matrix.txt \
  --output /data/output_results.txt \
  --perm 100

參數(shù)說(shuō)明：

• --mixture：混合樣本表達(dá)矩陣的路徑。

• --sigmatrix：簽名矩陣的路徑。

• --output：輸出結(jié)果文件的路徑。

• --perm：置換次數(shù)，建議至少為 100，以提高統(tǒng)計(jì)顯著性。

請(qǐng)根據(jù)您的實(shí)際路徑替換 /path/to/your/data。

5. 分析結(jié)果

運(yùn)行完成后，輸出文件將包含每個(gè)樣本中各個(gè)細(xì)胞類型的比例估計(jì)值。您可以使用 R 或其他數(shù)據(jù)分析工具對(duì)結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一步分析和可視化。

?? 注意事項(xiàng)

• 輸入數(shù)據(jù)格式：確保輸入的表達(dá)矩陣為非對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換的 TPM 或 CPM 值。

• 批次效應(yīng)校正：如果簽名矩陣和混合樣本來(lái)自不同的平臺(tái)，建議使用 CIBERSORTx 的 S-mode 功能進(jìn)行批次效應(yīng)校正。

• 資源要求：CIBERSORTx 的某些模塊計(jì)算密集，建議在具備足夠計(jì)算資源的環(huán)境中運(yùn)行。

如需更多信息和支持，請(qǐng)?jiān)L問(wèn) CIBERSORTx 官方網(wǎng)站。