2019年7月24日，Nature Reviews Genetics上發(fā)表了一篇了RNA-seq的綜述，文獻信息如下所示：
Stark, R., et al. (2019). "RNA sequencing: the teenage years." Nature Reviews Genetics.
摘要：在過去的十年中，RNA測序(RNA-seq)已經(jīng)成為在全轉錄組范圍內(nèi)分析差異基因表達和mRNAs差異剪接的重要工具。然而，隨著下一代測序技術的發(fā)展，RNA-seq技術也在不斷發(fā)展。現(xiàn)在，RNA-seq用于研究RNA生物學的許多方面，其中包括單細胞基因表達、翻譯(翻譯組,translatome)和RNA結構(結構體，structurome)。其它的應用也在開發(fā)中，例如 空間轉錄學(Spatialomics)。加上新的長片段 (long-read)和直接RNA-seq技術以及用于數(shù)據(jù)分析的更好的計算工具的整合，RNA-seq技術的創(chuàng)新有助于人們更全面地理解RNA生物學，例如從何時何地轉錄發(fā)生到控制RNA功能的折疊和分子間相互作用等問題。
這篇綜述信息密度很高，我正在翻譯，過幾天翻譯完了放上來，先把文獻旁邊的名詞解釋給譯了一下，如下所示：
- 差異基因表達：Differential gene expression, 即DGE，一種分析方法，目標是使研究者們找出不同實驗組之間的變化的基因。
- 讀長深度：Read depth，一個樣本測序后所獲得的所有測序讀長(reads)，注意與測試深度進行區(qū)分。
- 短讀長：short-read：一種測序技術，產(chǎn)生的讀長(read)的長度為500bp，但更常見的是100-300bp，它測的是打斷后的mRNA。
- 長讀長：long-read，一種測序技術，能夠沒到1000bp，它代表的全長或接近全長的mRNA。
- 直接RNA測序：Direct RNA sequencing,dRNA-seq，一種測序技術，在不用打斷RNA以及反轉錄的情況下，對RNA進行直接測序，其目標通常是為了檢測全長或接近全長的RNAs。6. 多重回貼讀長：multi-mapped reads：來源于轉錄組的同源區(qū)（homologous region）的測序讀長，這些讀長無法明確地回貼到基因組上或轉錄組上。
- 合成長讀長：synthetic long reads:一種方法，能夠通過組裝來對多個短讀長進行合成，生長長讀長。
- 唯一分子標簽：Unique molecular identifiers，UMIs，一種短的序列或編碼標簽(barcodes)，這些短序列通常會在RNA-seq文庫制備過程中進行添加（在進行PCR之前），這種序列能夠?qū)σ粋€特定的起始分子進行標記。此方法通用用于校正RNA-seq數(shù)據(jù)的定量偏差，在少量RNA進行測序或單細胞測序中使用尤為廣泛。
9 。讀長長度：read length：每個測序讀長的長度，在短讀長RNA測序過程中，這個長度通常是50-150bp。 - 靈敏度：Sensitivity，一種指標，它表示在每個樣本中，能夠檢測到轉錄本的比例。樣本處理，文庫制備，測序以及數(shù)據(jù)分析都會影響這個指標。
- 特異性：specificity:一種檢測指標，它表示的是差異表達的轉錄本在檢測到的轉錄本中的比例。樣本處理，文庫制備，測序和數(shù)據(jù)分析都會影響這個指標。
- 標簽讀長：Tag read，對于一個轉錄本來說，一個標簽讀長是唯一，它通常來源于mRNA的3‘末端，這種讀長用于分析差異表達轉錄本，或者是來源于5'端，這種通常用于分析轉錄起始位點和啟動子。
- 重復率：duplication rates，在一個RNA測序樣本中，回貼到轉錄本上同一位置的測序讀長的比例。在RNA-seq文庫中，對于一些轉錄本來說，重復率是比較高的，這是因為它們在樣本中的的表達水平比較高，同時低表達的轉錄本重復率很低。在RNA-seq中，重復率一個重要問題，因為多數(shù)情況下，重復的讀長或許代了真正高表達的轉錄本，而一些重復讀長則是有可能來源于測序偏倚。
14:單端測序：single-end squencing，只測cDNA片段的一端的短讀長測序手段，它通常用于基因表達分析實驗，優(yōu)勢就是便宜。 - 雙端測序：paired-end sequencing,同時測cDNA片段的兩端短讀長測序手段，通常用于基因表達分析實驗，如果是要研究剪接，則需要最大的靈敏度，因為每個cDNA的更多堿基會被檢測到。
- 生物學重復：Biological replicates：同時檢測生物學意義上的不同樣本，例如來源于3個研究對象的組織，生物學重復可以發(fā)現(xiàn)生物學偏差，這要么代表了自身的一種研究駨，要么代表了噪音。相比之下，技術重復則是對同一個樣本進行重復的要檢測，例如同一個組織檢測3次。
- 表達矩陣：Expression matrix，RNA-seq中差異表達基因的數(shù)值矩陣。行代表RNA特征，例如基因名或轉錄本名，列表示測序樣本。這些值通常用與每個RNA特征相關在的讀長數(shù)目表示，表達矩陣可以用于估計異構體特征，在進行下游分析之前，通常要經(jīng)過歸一化處理(normalization)。
- 外參控制(spike-in control)，處理樣本之前，將已知濃度的外源核酸混合物添加到一個樣本中。它們通常是各種濃度的人工合成的RNA序列，會被提前混合，用于監(jiān)測反應效率，并確定方法學的偏倚處理以及用于監(jiān)測假陰性。
- 空間轉錄組學， Spatialomics， 一種轉錄組分析方法，它能保留一個樣本中每個轉錄本的空間信息，例如一個組織的不同區(qū)域。
- 初始RNA，Nascent RNA，剛開始被轉錄的RNA，這些RNA與那些已經(jīng)被處理后，輸送到細胞質(zhì)的RNA不同。
- 4-硫尿核苷，4-Thiouridine， 4 sU，含有一個硫原子的核苷，通常不并存在于真核生物的mRNA中，它很容易整合進核酸中，用于初始RNA分析。
- 翻譯組：Translatome，一個細胞，組織或機體中，所有從mRNA翻譯到蛋白質(zhì)的總和。
- 結構組：Structurome, 一個細胞，組織或機體中，所有二級和三級結構的RNA總和。
- 相互作用組：Interactome，一個細胞，組織或機體中，所有分子之間相互作用的總和，包括RNA-RNA，RNA-蛋白質(zhì)之間的相互作用。
