1. R包的科普知識：

• 當(dāng)我們下載好R軟件后，就可以使用它內(nèi)部包含的基礎(chǔ)函數(shù)進(jìn)行相應(yīng)的操作。但是當(dāng)我們使用R進(jìn)行一些特定的數(shù)據(jù)處理，R中內(nèi)置的基礎(chǔ)功能未必能滿足相應(yīng)的需求，這個(gè)時(shí)候我們需要安裝一些特定的R包來實(shí)現(xiàn)我們的需求。R 包是函數(shù)、數(shù)據(jù)和文檔的集合，是對 R 基礎(chǔ)功能的擴(kuò)展。只有學(xué)會如何使用 R 包，才能真正掌握 R 語言的精華。
• 通俗來講，R軟件相當(dāng)于我們買到的一部智能手機(jī)，手機(jī)本身有其自帶的app可以完成一些基本功能。之后我們想在手機(jī)上使用微信功能，我們就要安裝微信的app，我們想使用簡書，就要安裝簡書app。
• 對于我們進(jìn)行生物信息學(xué)分析時(shí)，我們安裝的R包有兩個(gè)來源，一類R包來自于 CRAN（comprehensive R archive network）（https://cran.r-project.org/），另一類R包來自于 Bioconductor 網(wǎng)站(https://www.bioconductor.org/)。
• 我們?nèi)绾闻袛辔覀冸娔X中是否安裝了對應(yīng)的R包：
  我們可以加載該包，如果沒報(bào)錯(cuò)，證明電腦已經(jīng)安裝該包，加載后可以使用相應(yīng)的功能，如果報(bào)錯(cuò)了，則證明電腦里沒有這個(gè)R包，我們需要先進(jìn)行安裝

#加載R包
library(包的名稱)

• 如何判斷我們要安裝的R包來自于CRAN還是Bioconductor：
  因?yàn)椴煌瑏碓吹腞包具有不同的安裝方式，所有要首先判斷R包的來源，再進(jìn)行安裝，最簡單的方法是將R包的名稱輸入到搜索引擎中，然后根據(jù)檢索結(jié)果即可輕松判斷該包的來源，這里舉兩個(gè)例子方便說明：
  a. 繪制生存曲線的survminer包（CRAN來源）

  
  
  survminer包檢索結(jié)果
  
  

  b. 處理RNA-seq COUNT數(shù)據(jù)格式的DESeq2包（Bioconductor來源）

  
  
  DESeq2包檢索結(jié)果

2. CRAN來源包下載：

options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if(!require("包名")) install.packages("包名",update = T,ask = T)#個(gè)人習(xí)慣更新R包，如果更新過程中有報(bào)錯(cuò)，解決起來比較麻煩，可以將參數(shù)改為update=F, ask=F
#加載R包檢查是否安裝成功
library(包名)

3. Bioconductor來源包下載：

要安裝Bioconductor來源的R包，首先要安裝一個(gè)叫BiocManager的包，這個(gè)包來自于CRAN，因此我們要先按照CRAN來源包的下載方式下載BiocManager包。

#僅第一次使用
options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = T,ask = T)

安裝了BiocManager包后，以后只需要加載該包即可，無需再次安裝

#首先加載BioManager包
library(BiocManager)
#安裝Bioconductor來源包
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
if(!require("包名")) BiocManager::install("包名",update = T,ask = T)
#加載R包檢查是否安裝成功
library(包名)