1. RAxML 簡介
RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多線程或并行化使用最大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹。
2. RAxML 下載與安裝
wget https://github.com/stamatak/standard-RAxML/archive/v8.2.12.tar.gz?
tar zxf RAxML-v8.2.12.tar.gz
cd RAxML-8.2.12/
make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc -j 4
rm *.o
make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc -j 4
rm *.o
echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/RAxML-8.2.12/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
3. RAxML 的使用
3.1 常用例子與參數(shù)
簡單快速方式
raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 -f a -m GTRGAMMA -p 12345 -x 12345 -# 10 -s 20k.phy -n chr001.raxml -T 30
RAxML 的參數(shù)非常多，設(shè)置非常復(fù)雜，上述常用例子的參數(shù)為：
-f a
此參數(shù)用于選擇 RAxML 運(yùn)算的算法?？梢栽O(shè)定的值非常之多。 a 表示執(zhí)行快速 Bootstrap 分析并搜索最佳得分的 ML 樹。
-x 12345
指定一個(gè) int 數(shù)作為隨機(jī)種子，以啟用快速 Bootstrap 算法。
-p 12345
指定一個(gè)隨機(jī)數(shù)作為 parsimony inferences 的種子。
-# 10
指定 bootstrap 的次數(shù)。
-m?GTRGAMMA
指定核苷酸或氨基酸替代模型。 "PROT" 表示氨基酸替代模型，“GTR”表示堿基替代模型； GAMMA 表示使用 GAMMA 模型； X 表示使用最大似然法估計(jì)堿基頻率。
-s 20k.phy
指定輸入文件。phy 格式的多序列比對結(jié)果。軟件包中包含一個(gè)程序來將 fasta 格式轉(zhuǎn)換為 phy 格式。也可以通過Tassel或者M(jìn)ega轉(zhuǎn)換格式：vcf-phylip
-n chr001.raxml
輸出文件的后綴為 .chr001.raxml 。
-T 30
指定多線程運(yùn)行的 CPUs 。
3.2 結(jié)果文件
RAxML_bootstrap.ex bootstrapped trees
RAxML_bestTree.ex? ? ? ? ? ? 最佳得分 ML 樹
RAxML_bipartitions.ex? ? ? ? 有 bootstrap 分值支持的最佳得分樹，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分樹, 分值在 branch 上。FigTree不能識(shí)別此文件。
參考資料：
http://www.chenlianfu.com/?p=2225
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/9/1312.full
網(wǎng)頁版工具：
http://epa.h-its.org/raxml/submit_single_gene
