火影忍者很耐看，其中一個(gè)原因是有多條故事線，互相交錯(cuò)，人物之間產(chǎn)生關(guān)系傳承，情節(jié)相互映襯，不斷有彩蛋打開，整個(gè)故事形成了比較飽滿的效果。

第一條故事線是鳴人及同期的成長(zhǎng)及羈絆矛盾。這其中，鳴人和佐助又成為主線，按照正敘和倒敘，借助各種回憶殺，把鳴人的身世、宇智波家族、十二小強(qiáng)、木葉天才三忍、卡卡西的外傳、一代目到四代目……像萬(wàn)花筒一樣呈現(xiàn)出來(lái)。這個(gè)過(guò)程也將忍村體制、忍者訓(xùn)練體系等技術(shù)參數(shù)，由相關(guān)情節(jié)的人物進(jìn)行了講解，比如木葉丸、小櫻、卡卡西、惠比壽等都曾解釋過(guò)查克拉相關(guān)的知識(shí)。

第二條故事線是曉組織。在80集三代去世后，鼬和干柿鬼鮫出現(xiàn)在木葉村，這也是曉組織的初次亮相，這個(gè)以紅色云彩印花黑色立領(lǐng)過(guò)膝大衣為制服的精英危險(xiǎn)組織，人員在9-12個(gè)之間，每個(gè)人物都是各自忍村的危險(xiǎn)分子、不安分子，他們并不認(rèn)同所謂的火之意志這種理念，他們的理念是催眠全世界然后獲得永遠(yuǎn)和平——盡管這些精英危險(xiǎn)分子被黑絕擺了一道。曉組織有戲份的劇集是出來(lái)收集九個(gè)尾獸，而沒(méi)戲分的時(shí)候則是在底下進(jìn)行情報(bào)搜集、籌款、招人，這就是一股跟木葉村并行存在的暗勢(shì)力。

第三條故事線是大筒木一族。大筒木的存在到了火影后期才展開，而在情節(jié)上也只能最后出場(chǎng)，因?yàn)橹挥袝越M織將所有尾獸都收齊的時(shí)候，大筒木輝夜才能被激活，黑絕才有機(jī)會(huì)講述大筒木一族的前世來(lái)生。而回過(guò)頭來(lái)看，大筒木作為來(lái)收割地球的高維外星球物種，恰恰是忍者世界的緣起者。本該收割地球的大筒木輝夜，反倒愛(ài)上了地球上的一個(gè)男人，還生下了一對(duì)雙胞胎兒子羽衣和羽村，這對(duì)混血兒子長(zhǎng)大成人后不認(rèn)可母親輝夜的毀滅地球觀點(diǎn)（或者說(shuō)輝夜眼中的保護(hù)地球），合力把輝夜給封印了。而輝夜的長(zhǎng)子大筒木羽衣就成了日后開創(chuàng)忍宗的六道仙人，火影世界的所有名門家族，包括宇智波、千手、日向、漩渦，都是羽衣的后代。這條遙遠(yuǎn)的故事線在故事最后徐徐展開，驀然回首，整個(gè)火影忍者的故事就是大筒木一族收割地球查克拉的失敗與再來(lái)，以及輝夜的地球后裔千百年來(lái)的血腥爭(zhēng)斗。

而大筒木的故事線在新世代火影忍者中繼續(xù)展開，并成為明線矛盾。尤其是新世代主人公博人被大筒木桃式打入楔、成為容器——這儼然就是另一種版本的人柱力。由于主人公通常不會(huì)輕易被收服或者掛掉，所以通過(guò)附身于第一男主博人，大筒木的故事線將越來(lái)越占大比例，甚至成為新世代火影的主要故事線。

就這樣，跟所有經(jīng)典故事一樣，火影忍者用多條故事線，超越時(shí)間和空間的限制，在火影的故事框架內(nèi)打造出多維立體的觀賞效果。出現(xiàn)在這張巨幅畫卷的眾多角色人物，經(jīng)得起拉近放大，每個(gè)人的故事無(wú)聲地充斥在火影讀者觀眾的心中，煥發(fā)激蕩出活潑飽滿的腦海場(chǎng)景。