注:本文系本人翻譯于github上interproscan的安裝要求
安裝要求
InterProScan是為在Linux上運(yùn)行而開發(fā)的。目前還沒有針對(duì)Windows或蘋果(MAC OS X)操作系統(tǒng)的版本計(jì)劃。這是由于InterProScan運(yùn)行的各種第三方二進(jìn)制文件中的約束。
注意，InterProScan和獨(dú)立的成員數(shù)據(jù)庫(kù)分析是處理器和內(nèi)存密集型的。、
最低規(guī)格要求是一臺(tái)擁有2個(gè)核心和4 GB RAM的機(jī)器，這將允許一次分析少量序列。然而，資源越多，一次分析/分析序列的速度就越快。
軟件要求
< 64位 Linux系統(tǒng)
< Perl 5(大多數(shù)Linux發(fā)行版的默認(rèn)版本)
< Python 3 (InterProScan 5.30-69.0)
< Oracle's Java JDK/JRE version 8 (InterProScan 5.17-56.0 onwards)
< 環(huán)境變量設(shè)置
< 將JAVA_HOME/bin添加到$PATH環(huán)境變量
如何在系統(tǒng)上檢查這些?
1. 我運(yùn)行的是哪個(gè)版本的Linux ?
InterProScan是用64位二進(jìn)制文件編寫的。要確定您的系統(tǒng)是32位還是64位，請(qǐng)?jiān)诿钚猩陷斎?
uname -a
2.測(cè)試Perl是否安裝
要測(cè)試是否安裝了Perl 5，請(qǐng)?jiān)诿钚猩陷斎?br>
perl -version
3.測(cè)試Python是否安裝
要測(cè)試是否安裝了python3，請(qǐng)?jiān)诿钚猩陷斎?br>
python3 -version
python -version
4.測(cè)試Java環(huán)境
要測(cè)試您的環(huán)境，請(qǐng)?jiān)诿钚猩陷斎?br> java -version
InterProScan版本5.17-56.0或更高版本將只運(yùn)行Java版本1.8+。第三行應(yīng)該包括“Java HotSpot (TM)”
如果版本信息報(bào)告OpenJDK JVM, InterProScan 5也可以工作，盡管我們還沒有在OpenJDK上進(jìn)行廣泛的測(cè)試。如果InterProScan 5不能在OpenJDK上運(yùn)行，您可以獲得并安裝Oracle/Sun JVM (JRE或JDK比較合適，請(qǐng)參見http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html)。
