1. 網(wǎng)頁版工具地址

Predictions of proteasomal cleavage：

NetChop 3.1 Server：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetChop/

Predicts binding of peptides to HLA alleles：

NetCTL 1.2 Server：?http://www.cbs.dtu.dk/services/NetCTL/

NetMHC 4.0 Server：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/

IEDB：http://www.iedb.org/

2. 安裝方法

這幾個軟件都有本地版（stand-alone software package），需要學術機構的郵箱去注冊，注冊之后立馬會收到一個四小時之內(nèi)有效的下載連接；

NetChop,NetCTL,NetMHC三個軟件的安裝步驟大致相似，閱讀readme文件可知都需要修改下軟件腳本，設置下軟件路徑和一個存儲臨時文件的路徑。NetMHC還需要從http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC-4.0/data.tar.gz下載一個data文件。

安裝完成之后執(zhí)行測試文件：

../netMHC test.fsa > test.fsa.myout

IEDB的本地安裝方法暫未探究；

3. 使用及閾值設定

NetMHC預測的親和力閾值一般設定在500nm（參考文獻：??uksza M, Riaz N, Makarov V, et al. A neoantigen fitness model predicts tumour response to checkpoint blockade immunotherapy[J]. Nature. 2017.）

IEDB的ic50值一般要低于500（參考IEDB的幫助文檔）；