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蛋白質配體復合物模擬md運行過程中需要用到輸入文件md.mdp，現(xiàn)對里面的各種編輯項目做簡單注釋。
md.mdp
title = Protein-ligand complex MD simulation
; Run parameters
integrator = md ; #指定積分算法；md:蛙跳牛頓積分算法，用于平衡動力學積分
nsteps = 500000 ; #積分或能量最小化步數(shù)
dt = 0.002 ; #積分步長
; Output control
nstxout = 0 ; #坐標保存到軌跡文件的頻率
nstvout = 0 ; #速度保存到軌跡文件的頻率
nstenergy = 5000 ; #能量保存到軌跡文件的頻率，必須是nstcalcenergy的倍數(shù)
nstlog = 5000 ; # log文件更新頻率
nstxout-compressed = 5000 ; #
compressed-x-grps = System
energygrps = Protein JZ4 #保存能量的組
; Bond parameters
continuation = yes ; #初試構象不約束，不復位，用于精確的繼續(xù)計算或重計算
constraint_algorithm = lincs ; #約束算法 lincs ：不能用于角度約束
constraints = all-bonds ; #鍵約束，all-bonds:所有鍵約束
lincs_iter = 1 ; #迭代次數(shù)，用于LINCS約束精度，默認1
lincs_order = 4 ; #約束偶合矩陣階次，用于LINCS約束精度，默認4
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; #鄰近列表搜索方法
nstlist = 10 ; #鄰近列表更新頻率
rcoulomb = 1.4 ; #短程庫倫截斷
rvdw = 1.4 ; #短程范德華力截斷
; Electrostatics
coulombtype = PME ; #庫倫計算方式
pme_order = 4 ; #PME插值，默認4表示3次插值
fourierspacing = 0.16 ; #FFT傅里葉變換格點間距，默認。。。，與PME同時使用
; Temperature coupling
tcoupl = V-rescale ; #指定熱耦合方法
tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions ; #熱偶合組
tau_t = 0.1 0.1 ; #熱偶合時間常數(shù)
ref_t = 300 300 ; #參考溫度--恒溫值，個數(shù)對應組
; Pressure coupling
pcoupl = Parrinello-Rahman ; #指定壓力耦合方式 ；Parrinello-Rahman：
pcoupltype = isotropic ; #isotropic:盒子各向同性
tau_p = 2.0 ; #壓力耦合時間常數(shù)
ref_p = 1.0 ; #參考壓力---恒壓值，一般為1 bar
compressibility = 4.5e-5 ; #水可壓縮性，1 bar300K時為4.5e-5 bar-1
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; #周期性邊界條件；xyz:使用周期性邊界條件
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres ; #色散校正
; Velocity generation
gen_vel = no ; #速度生成；no:不生成速度。輸入文件沒有速度，則為0；
