conda開源包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng) ，包括多種語言的包安裝，運行，更新，刪除，最重要的是可以解決包依賴問題。在做生信分析時，感覺就是一個軟件管家一樣的存在，在比如安裝生信軟件等方面上十分方便。下面小結(jié)一下conda的基礎(chǔ)操作
1、下載安裝miniconda包
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#開始安裝，過程中根據(jù)提示回車或者yes就行了~
source ~/.bashrc
（1）配置國內(nèi)鏡像源，提高以后下載軟件速度
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --get #查看已設(shè)置的channels
#刪除鏡像源
conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
（2）conda命令找不到？
- 此處涉及到關(guān)于Linux環(huán)境變量的知識，在Linux專題學(xué)習(xí)有專門介紹，這里就不過多介紹了，直接修改conda的環(huán)境變量
cat ~/.bashrc
#此時應(yīng)該沒有miniconda的路徑
nano ~/.bashrc #將下面一行代碼輸入到最后
echo ‘export PATH=“home/user/miniconda3/bin:$PATH”’ >> ~/.bashrc
#保存退出
cat ~/.bashrc
#此時應(yīng)該是修改好的版本了
source ~/.bashrc
#更新一下，然后下面的操作就可以順利進行了。
2、conda環(huán)境
類似Linux系統(tǒng)是一個大庭院，我們專門為做一件事情（需要一系列軟件）而設(shè)置的一個房間（環(huán)境），這樣就會使這個大庭院干凈利落很多，不會很亂。做一件事，到相應(yīng)的房間（conda環(huán)境）去使用軟件就行。這些軟件的命令都是可以直接使用的，這就很方便了
conda create -n rna-seq python=3
#創(chuàng)建一個名為rna-seq，python版本為3的環(huán)境
conda activate rna-seq
#進入該環(huán)境，此時可以看到命令行提示符前綴已經(jīng)發(fā)生了變化
conda deactivate
#退出環(huán)境
conda info --envs
#查看系統(tǒng)有哪些環(huán)境（房間）
conda remove -n name --all
#刪除名字為name的環(huán)境
- 環(huán)境重命名：先復(fù)制改名，再刪除舊的
conda create -n newname --clone oldname
conda remove -n oldname --all
3、下載軟件
conda search fastqc
#搜索軟件
conda install fastqc -y
#下載軟件，-y參數(shù)表自動安裝
conda install fastqc=0.11.7 -y
#下載指定版本的軟件
conda install -c bioconda fastqc=0.11.7 -y
#指定軟件下載的channal源
conda update fastqc
#更新軟件
conda list
#查看當(dāng)前環(huán)境下的所有軟件
conda remove fastqc -y
#卸載軟件
conda install -c conda-forge mamba
