標(biāo)題：The Neonatal and Adult Human Testis Defined at the Single-Cell Level
期刊：Cell reports
日期：FEBRUARY 05, 2019
??這篇文章算是比較中規(guī)中矩的單細(xì)胞研究某一器官圖譜的文章形式，文章的亮點(diǎn)主要包括1）通過scRNA-seq分析定義新生兒和成人睪丸細(xì)胞亞群；2）新生兒包含原始生殖細(xì)胞和SSC樣細(xì)胞；3）定義了具有不同標(biāo)記的許多成體精原細(xì)胞狀態(tài)；4）定義了新生兒和成人睪丸“生態(tài)位”細(xì)胞和因子。
文章框架
??文章通訊作者M(jìn)iles Wilkinson, Ph.D.加利福尼亞大學(xué)圣地亞哥分校婦產(chǎn)科和生殖科學(xué)系教授，研究領(lǐng)域包括：
- RNA
- Stem cell biology
- Epigenetics
- Reproductive biology
- Developmental biology
- Neurobiology
-
Cancer
等方向，集中在基因調(diào)控回路對正常發(fā)育和疾病的影響。
PI
??文章使用10X公司scRNA-seq來分析成人新生兒睪丸中的所有細(xì)胞，來定義所有主要的精子和體細(xì)胞亞群。通過比較新生兒和成人睪丸細(xì)胞的基因表達(dá)變化情況，描述了精子發(fā)生的時(shí)間序列等，整體的結(jié)果描述了人類睪丸組織精子細(xì)胞及體細(xì)胞的細(xì)胞發(fā)育圖譜。
單細(xì)胞分群
文章分析很常規(guī)，原始數(shù)據(jù)利用10X公司提供的cellranger流程處理，得到matrix，后續(xù)分析采用Seurat包完成質(zhì)控，降維聚類等分析，睪丸單細(xì)胞分群情況，共分為7群，其中比較大的SPG群，后續(xù)又對這個(gè)細(xì)胞群進(jìn)行亞群分析，鑒定發(fā)現(xiàn)了一些新的細(xì)胞亞型。
亞群
對于分化發(fā)育等細(xì)胞，可以利用monocle包進(jìn)行時(shí)間序列分析。根據(jù)基因表達(dá)情況推測細(xì)胞當(dāng)前所處的每個(gè)分化階段位置。
時(shí)序分析
鑒定描述新發(fā)現(xiàn)的SPG細(xì)胞亞型
鑒定描述新發(fā)現(xiàn)的SPG細(xì)胞亞型
鑒定描述新發(fā)現(xiàn)的SPG細(xì)胞標(biāo)記
鑒定描述新發(fā)現(xiàn)的SPG細(xì)胞標(biāo)記
人類睪丸中體細(xì)胞群的表征
人類睪丸中體細(xì)胞群的表征
人類睪丸中的受體 - 配體信號(hào)相互作用
人類睪丸中的受體 - 配體信號(hào)相互作用
人類雄性配子發(fā)生模型和新生兒信號(hào)
人類雄性配子發(fā)生模型和新生兒信號(hào)
