實(shí)例：如何拿到KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中多巴胺通路相關(guān)的基因集
一、確定目標(biāo)通路
打開(kāi)KEGG選擇pathway，在搜索框前輸入物種，框內(nèi)填入關(guān)鍵詞。
篩選結(jié)果顯示僅有hsa04728符合我們的研究目的
二、下載hsa04728通路中的全部基因
1.安裝R包KEGGREST
首次安裝時(shí)電腦可能會(huì)顯示與當(dāng)前R語(yǔ)言版本不配，可以從bioconductor 的官網(wǎng)下載安裝
if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("KEGGREST", version = "3.10")
可以library一下這個(gè)包，里面包含了KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的19個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)
，"pathway"、"genes" 、"ligand"、 "brite"為4個(gè)主要的數(shù)據(jù)庫(kù)，其他的子數(shù)據(jù)庫(kù)是在這4個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的基礎(chǔ)上衍生出來(lái)的。
> library("KEGGREST")
> listDatabases()
[1] "pathway" "brite" "module" "ko" "genome" "vg"
[7] "ag" "compound" "glycan" "reaction" "rclass" "enzyme"
[13] "disease" "drug" "dgroup" "environ" "genes" "ligand"
[19] "kegg"
- "pathway"數(shù)據(jù)庫(kù)提供發(fā)生在細(xì)胞內(nèi)各種反應(yīng)的人工繪制途徑圖，以網(wǎng)絡(luò)形式-呈現(xiàn)。"genes" 數(shù)據(jù)庫(kù)存儲(chǔ)KEGG中注冊(cè)的已經(jīng)測(cè)序的基因組信息。
- "ligand"數(shù)據(jù)庫(kù)可以查詢化合物、多糖以及酶促反應(yīng)等信息。
- "brite"是將生物信息按等級(jí)層次分類歸納的數(shù)據(jù)庫(kù)，其中所包含的KEGG、KO是用于同源性識(shí)別的系統(tǒng)。
2.提取通路信息
keggGet('hsa04728')
gs<-keggGet('hsa04728')
-
使用 keggGet 函數(shù)獲取人類基因信號(hào)通路 hsa04650 的信息，并緩存
逐步run可以看到結(jié)果包括了通路介紹、基因，基因間的聯(lián)系方式，以及鏈接等等。
三.提取全部基因
#獲取通路中g(shù)ene信息
gs[[1]]$GENE
#查找所有基因
genes<-unlist(lapply(gs[[1]]$GENE,function(x) strsplit(x,';')))
genelist <- genes[1:length(genes)%%3 ==2]
genelist <- data.frame(genelist)
#把結(jié)果寫入表格中
write.table(genelist, "C:\\Users\\xxx\\Desktop\\hsa04728.csv",
row.names=FALSE,col.names=TRUE,sep=",")
最終可以獲得一個(gè)表格，genelist中有132個(gè)基因name，即多巴胺通路hsa04718中涉及的所有的基因。
