GEO數(shù)據(jù)上傳的詳細步驟演示
????想必很多老師、同學們對轉(zhuǎn)錄組相關數(shù)據(jù)如何上傳至GEO數(shù)據(jù)庫存在困惑，本篇整理了GEO數(shù)據(jù)上傳的相關步驟，教大家如何上傳數(shù)據(jù)。
1 登錄GEO
1.1 GEO地址
????進入GEO數(shù)據(jù)庫，兩種方法：
????在NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）主頁，點擊“Submit”>“GEO”，即可進入GEO數(shù)據(jù)庫界面。
????或者直接輸入GEO地址（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submission.html）進入。
1.2 注冊登錄GEO
????為了上傳數(shù)據(jù)，首先需要登錄賬號，點擊界面右上方“l(fā)ogin”。
????新用戶需要先注冊，填寫相關信息后，賬號通過郵箱激活。
登錄后，如果賬號是首次登錄，需要完善個人信息，包括國家、地區(qū)、所屬單位等。
2 GEO數(shù)據(jù)上傳
????進入GEO數(shù)據(jù)庫后，在首頁界面選擇將要上傳的數(shù)據(jù)類型。大體上，上傳數(shù)據(jù)類型可分為3類：
????芯片數(shù)據(jù)；
????高通量數(shù)據(jù)，如RNA-seq、ChIP-seq等；
????其它表達譜數(shù)據(jù)，例如RT-PCR等。
????接下來以某RNA-seq數(shù)據(jù)上傳為例展示，點擊上傳高通量數(shù)據(jù)類型。
2.1 上傳數(shù)據(jù)要求
????根據(jù)網(wǎng)站要求，需要上傳3種數(shù)據(jù)，包括：
????信息表（Metadata spreadsheet），這個由GEO網(wǎng)站提供，需下載填寫；
????一些重要的處理后數(shù)據(jù)（Processed data files），如基因表達值矩陣等；
????原始測序數(shù)據(jù)（Raw data files），如fastq文件，推薦使用clean data。
????并且，GEO網(wǎng)站中列出了一些注意事項，仔細閱讀網(wǎng)站界面下方的內(nèi)容即可，大致上有以下幾點：
????GEO接受數(shù)據(jù)是有關基因表達定量、基因調(diào)控，表觀遺傳學或其它功能基因組的研究，包括RNA-seq、ChIP-seq、HiC-seq、甲基化測序等，不接收全基因組、宏基因組等類型。
????原始測序數(shù)據(jù)是必須要提交的，由于后續(xù)將自動提交SRA，因此需要提供SRA支持的格式。推薦上傳gz壓縮的fastq文件（不要使用zip壓縮），且各個樣本已做拆分。
????處理后的數(shù)據(jù)也是GEO提交的必需部分，但只限于非常重要的，例如原始基因表達count值、FPKM標準化后的矩陣、ChIP-seq定量峰bed文件等。一些中間文件，或者大文件，如基因組比對后的BAM不推薦上傳，除非有特殊必要需發(fā)郵件提前咨詢工作人員。
????對于上傳的數(shù)據(jù)，需要校驗MD5碼并填寫在信息表中，便于審核文件是否完整。
2.2 填寫信息表
????首先下載信息表填寫相關的信息。
????在下載的Excel表中，“METADATA TEMPLATE”中填寫上傳數(shù)據(jù)信息，包括試驗描述、樣本信息、數(shù)據(jù)類型等?！癊XAMPLE”中提供了相關的參考示例，根據(jù)實際數(shù)據(jù)模仿填寫即可。
以展示RNA-seq的EXAMPLE 2為例簡單說明下該表。
????“SERIES”是對整個試驗的描述。
????title可以是發(fā)表文章的標題，summary可以是發(fā)表文章的摘要（請描述詳細，不能太少），contributor可以為貢獻作者。
????填寫文章的標題摘要比較省事，當然也可以重新構(gòu)思描述信息，比如該數(shù)據(jù)在多個文章中使用時，可以綜合為一個統(tǒng)一的試驗描述。
????“SAMPLES”是對樣本的描述，“PROTOCOLS”、“DATA PROCESSING PIPELINE”是關于樣本處理以及測序細節(jié)。
????對于樣本描述，就是樣本名稱、來源的物種、組織、細胞類型等，以及各樣本對應的數(shù)據(jù)文件，盡可能補充完整吧，除了不涉及的選項可以不填（比如是組織測序，不涉及細胞系，因此細胞類型等就無需填寫了）。
????對于樣本處理、測序，就是有關的RNA提取、文庫構(gòu)建等試驗，這些若存在疑問，建議咨詢測序公司比較好。
????最后的三項內(nèi)容，就是上傳文件的細節(jié)信息。
????包括文件名稱、類型、MD5碼等，以及若是雙端測序還需指定R1和R2端測序數(shù)據(jù)文件的對應關系。
2.3 上傳數(shù)據(jù)
????信息表填寫無誤后，開始上傳數(shù)據(jù)。
????首先返回GEO網(wǎng)站界面，查看有關數(shù)據(jù)上傳的相關說明。
????初次使用GEO，首先需創(chuàng)建工作空間，以用于后續(xù)在服務器站點中作為個人存放數(shù)據(jù)的目錄。記錄Step1中的個人路徑，后續(xù)上傳文件時需要指定。
????然后，點擊Step2查看上傳說明，下載安裝指定的傳輸工具，上傳數(shù)據(jù)。包括主機、用戶名、密碼以及個人賬號路徑等。
????若有疑問，可在GEO網(wǎng)站界面下方查看答疑解惑。
????仔細閱讀GEO網(wǎng)站中傳輸數(shù)據(jù)的要求，按要求將所有數(shù)據(jù)，包括原始測序數(shù)據(jù)、基因表達矩陣、信息表等擺放至一個文件夾中，然后將該文件夾直接拖動至服務器的個人路徑下就可以了。
????傳輸時間由總文件數(shù)量、大小及網(wǎng)速決定。傳輸完成后一定要仔細對比下前后的文件大小是否一致，用于判斷是否出現(xiàn)傳輸斷點，是否有文件需要重新上傳等。
2.4 提交審核
????確認上傳的數(shù)據(jù)一切無誤后，返回GEO網(wǎng)站，點擊Step3的“Notify GEO”。
????根據(jù)所填寫信息編輯頁面，如果確認上傳，最后點擊Submit。
????如果點擊Submit提交了審核（真實上傳數(shù)據(jù)時），接下來的幾天內(nèi)，注冊NCBI賬號時使用的郵箱中，會收到來自GEO官方的郵件。若有問題，會在郵件中告知，之后按照提示修改即可。若無問題，等待后續(xù)數(shù)據(jù)釋放就可以了。
????如果未點擊Submit（例如僅為測試GEO數(shù)據(jù)上傳步驟），已上傳的數(shù)據(jù)將默認在2周內(nèi)自動清除。
