課前準備---空間轉(zhuǎn)錄組hotspot

作者，Evil Genius

今天我們要實現(xiàn)的內(nèi)容


什么是hotspot？

We therefore calculated a custom senescence gene score for every spot in the spatial data using the hotspot gene-module scoring, visualized as dot plot across the niches, and on one tissue section。
將每個基因的計數(shù)擬合到DANB模型(深度調(diào)整負二項)中，然后對每個基因的值進行縮放(scaled)，然后根據(jù)每個細胞的neighbors進行平滑。最后，使用PCA對signature中所有基因的這些值進行降維。使用log1p計數(shù)、30個neighbors和X_scVI嵌入來計算分數(shù)。
簡單一句話，hotspot主要是指鄰域的富集特征。

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