氣泡圖也屬于散點(diǎn)圖的一種，在散點(diǎn)圖的基礎(chǔ)上改變點(diǎn)的形狀，大小和顏色
1.如何改變點(diǎn)的形狀
用自帶的mtcars演示
p = ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))
p + geom_point(shape=17,size=4)
p + geom_point(aes(shape = factor(cyl)),size=4)
2.改變點(diǎn)的大小：氣泡圖
加載包、數(shù)據(jù)的讀入及數(shù)據(jù)格式
library(ggplot2)
pathway = read.table("R0-vs-R3.path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")
3.初始化數(shù)據(jù)
pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))
pp + geom_point()
氣泡圖（三維數(shù)據(jù)）,size 可以是一個(gè)值，也可以是數(shù)據(jù)中的一列
pp + geom_point(aes(size=R0vsR3))
添加顏色變化——四維數(shù)據(jù)
scale_colour_gradient：自定義一個(gè)連續(xù)型的配色，常用于熱圖；
pbubble = pp + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)))
pbubble
pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red")
expression函數(shù)改變樣式，[]是用來添加下標(biāo)，^是用來添加上標(biāo)
pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
pr
pr + theme_bw()
散點(diǎn)圖小結(jié)
? 顏色: color/colour （可漸變）
? 形狀：shape
? 大?。簊ize （可漸變）
? 透明度：alpha （練習(xí)）
? 改變坐標(biāo)軸的范圍: xlim()和ylim()函數(shù)
? 改變標(biāo)題，坐標(biāo)軸標(biāo)題和legend標(biāo)題:labs()函數(shù)
? 保存圖片：ggsave()函數(shù)
支持多種圖片格式：png,pdf,svg等
ggsave("pathway_enrichment.png")
ggsave("pathway_enrichment_gray.png",pr)
ggsave("volcano4.pdf",volcano,width=4,height=4)
ggsave("volcano8.pdf",volcano,width=8,height=8)
繪制直線小結(jié)
? geom_abline(slope=xx,intercept=xx): 繪
制直線
? geom_hline(yintercept=xx):繪制水平線
? geom_vline(xintercept=xx):繪制垂直線
? size: 線條粗細(xì)
? color: 線條顏色
? linetype: 線條類型
