TPM (推薦軟件,RSEM/Stringtie) 的計算公式:
TPMi=(Ni/Li)*1000000/sum(Ni/Li+……..+ Nm/Lm)
Ni:mapping到基因i上的read數(shù); Li:基因i的外顯子長度的總和
TPM,Transcripts Per Kilobase Million
計算方法也同RPKM/FPKM類似,先對每個基因的read數(shù)用基因的長度進行
校正,之后再用校正后的這個基因read數(shù)(Ni/Li)與校正后的這個樣本的所有
read數(shù)(sum(Ni/Li+……..+ Nm/Lm))求商,最后再乘以10^6,TPM可以
看作是RPKM/FPKM值的百分比。