在ArchRProject@cellColData里加新的一列tissue信息，SampleID和tissue對齊

#在原來有tissue信息的ArchR對象里獲取SampleID和tissue對應(yīng)表，如已有對應(yīng)表可跳過這步
atac <- loadArchRProject('/ATAC/ArchR/atac')
library(dplyr)
result <- atac@cellColData %>%
    as.data.frame() %>%
    filter(Sample %in% c("SampleID1","SampleID2")) %>%
    select(Sample, tissue)%>% #保留Sample, tissue這兩列
    distinct(Sample, .keep_all = TRUE) #去重
#result
#Sample          tissue
#SampleID1       tissue1
#SampleID2       tissue2
class(result)
#[1] "data.frame"

##在projHeme1里加一列新的tissue信息，根據(jù)result里Sample和tissue對應(yīng)關(guān)系
projHeme1$tissue <- result$tissue[match(projHeme1$Sample, result$Sample)]

#畫圖查看
pdf("Plot-UMAP-tissue-Clusters.pdf")
plotEmbedding(ArchRProj = projHeme1, colorBy = "cellColData", name = "tissue", embedding = "UMAP")
dev.off()

saveArchRProject(ArchRProj = projHeme1, outputDirectory = "/ATAC/ArchR/projHeme1", load = T)
最后編輯于 ：
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