參考博文1：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6c0267490102weps.html

參考博文2：基因預(yù)測工具：Prodigal??http://wap.sciencenet.cn/blog-2379401-1085480.html

一、軟件安裝（以下都是在自己想要安裝的安裝目錄下進行的）

wget https://github.com/hyattpd/Prodigal/releases/download/v2.6.3/prodigal.linux

wget https://github.com/hyattpd/Prodigal/archive/v2.6.3.tar.gz

tar -zxvf?v2.6.3.tar.gz

cd?v2.6.3.tar.gz

make install

可以看出直接執(zhí)行make install后操作失敗，因為我不知root

這樣我得更改該軟件文件夾下的MakeFile文件，那么首先我需要進入該文件夾，然后ls，可看到

可看到第四列第二行的MakeFile文件

然后

vim MakeFile

把里面的目錄更改為我有權(quán)限的目錄（額特別的去查看了一下之前make install的目錄，就是第一張圖的/usr/local/bin，發(fā)現(xiàn)額確實在那個目錄下不是文件擁有者，所以額需要改）

這是第一次vim進去之后改的目錄，因為額想干脆改到一下文件夾下吧，結(jié)果又報錯，不過可以和上圖比對發(fā)現(xiàn)，這個報錯是“兩個文件夾一樣”，和上面的報錯不一樣

然后，額必須再一次更改M F文件

這就是我最終改的目錄（其實是剛才那個目錄的上兩級目錄）

然后再次在軟件的文件夾下

make install

這次沒有報錯，然后-h一下，查看一下幫助文檔

二、基因預(yù)測

這段時間都是以后三位為115號序列文件為樣品，進行試驗的

參考：

1、《組裝好基因組后之預(yù)測基因》https://blog.csdn.net/qq_36608036/article/details/101105768

2、《prodigal使用教程》http://blog.sina.com.cn/s/blog_78c527410102w6yd.html

prodigal -a 115.pep -d 115.cds -f gff -g 11 -o 115.gff -p single -s 115.stat -i?SZDP190917115.fas?>prodigal115.log

產(chǎn)生的4個文件，log日志里面什么都沒有，所以可以不再寫它。

.cds為我們的基因序列文件，

.pep是對應(yīng)的氨基酸序列文件。

.gff為基因的gff文件，

.stat為輸出所有可能結(jié)果文件，

我們得到最終得到cds是根據(jù)一定的閾值對其過濾的結(jié)果。

prodigal -a 115.pep -d 115.cds -f gff -g 11 -o 115.gff?-p single?-s 115.stat -i?SZDP190917115.fas

prodigal -a 114.pep -d 114.cds -f gff -g 11 -o 114.gff?-p single -s 114.stat -i?SZDP190917114.fas?

prodigal -a 111.pep -d 111.cds -f gff -g 11 -o 111.gff -p single -s 111.stat -i?SZDP190917111\(1\).fas

prodigal -a 108.pep -d 108.cds -f gff -g 11 -o 108.gff -p single -s 108.stat -i?SZDP190917108\(1\).fas

prodigal -a 011.pep -d 011.cds -f gff -g 11 -o 011.gff -p single -s 011.stat -i?SZDP190917011\(1\).fas

然后將產(chǎn)生的文件移動到指定的genepredict文件夾下