一、KEGG分析
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通過這篇文章上的網(wǎng)站進(jìn)行小麥的KEGG分析
Home - Plant Reactome Pathway Database (gramene.org)
1）點(diǎn)擊analyze data
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2）粘貼自己的基因名稱數(shù)據(jù)
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3）提交數(shù)據(jù)并進(jìn)行分析
4）查看mapping到的基因，下載基因名稱
5）將mapping基因重新粘貼提交后進(jìn)行分析下載result
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二、網(wǎng)頁版GO分析
小麥網(wǎng)頁版的GO分析有很多網(wǎng)址，這次主要示范中國農(nóng)業(yè)大學(xué)的孫其信老師團(tuán)隊(duì)郭偉龍老師公布的網(wǎng)站
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TriticeaeGeneTribe - A homology database for Triticeae tribe (wheat, durum wheat, barley, and their relatives) (cau.edu.cn)
由于該網(wǎng)站應(yīng)該是掛在學(xué)校的服務(wù)器下邊，導(dǎo)致有時(shí)候國家開會(huì)等事情訪問會(huì)受限。包括其中agrigo經(jīng)常打不開也是因?yàn)檫@個(gè)問題。
1）點(diǎn)擊GOenrichment
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2）在2粘貼自己數(shù)據(jù)后點(diǎn)擊3GO進(jìn)行分析，得到結(jié)果后直接下載成CSV
以上KEGG和GO結(jié)果只是展示的最終表的形式，可以幫助查看自己的目標(biāo)基因所在的KEGG和GO所在的term，需要自己按照自己的需求畫圖。比較了網(wǎng)頁分析的KEGG和GO的結(jié)果，較大的避免了之前用emapper自己構(gòu)建后進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)大量的跟植物不相關(guān)的GOterm 和KEGG 的pathway。
