這是我對 Yixf's blog 文章的一個學習總結。
20170330 在查看UCSC上的文件格式的資料時，我看到UCSC對不同的坐標系也有介紹，可參考！
這是一個很慘痛的教訓，因為我之前想當然地認為。基因組的坐標系統(tǒng)是這樣的：
| 序列 | A | T | G | C | A |
|---|---|---|---|---|---|
| 編號 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 |
但是其實這里是有兩套系統(tǒng)的。我們先看生活中的一個例子
樓層問題
第一層樓的高度是多少？ 我們中國一般認為就是0。但是也有人把我們第二層所在的樓叫做第一層。
基因組坐標
在生物學的基因組坐標的表示中，有兩種方法：一種是大家比較容易理解的全包含的1-based（one-based, fully-closed），如[start, end]；另一種是容易引起迷惑但卻常用而且易用的半包含的0-based（zero-based, half-open），如[start, end)。下面僅根據(jù)我的理解通過一個簡單的例子來說明一下。至于這兩種方法的詳細區(qū)別以及各自的優(yōu)缺點，請參考后面給出的鏈接。
Sequence：ATGC
1-Index：1234
0-Index：0123
其中TG的坐標位置如何表示呢？
1-based：[2,3]
0-based：[1,3)
還有一種不同的（真正的？）解釋方法如下：
我們常用的數(shù)據(jù)格式及數(shù)據(jù)庫中，那些使用的1-based，那些使用的0-based？
UCSC的Tables使用的是0-based；
UCSC的Genome Browser使用的是1-based；
NCBI的dbSNP使用的是0-based；
BED、BAM格式使用的是0-based；
但是SAM格式是1-based;
VCF、GFF格式使用的是1-based。
關于 wig 、bigWig 和bedgraph 文件的格式
生信菜鳥 中有一些相關的論述。
這里我記載一下一些重要的結論： wig和bedgraph 還有bed文件是 0-based； Bigwig文件是 1-based
