前面給大家介紹過如何用一些簡單易用的網(wǎng)頁工具去做GO和KEGG富集分析

?富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

?比DAVID強(qiáng)一萬倍的基因注釋工具

?GO，KEGG富集分析工具——DAVID

也給大家介紹過如何用R做GO富集分析和結(jié)果可視化，以及如何將富集結(jié)果中的gene ID轉(zhuǎn)成基因名字

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?GO和KEGG富集結(jié)果如何顯示基因symbol

還有計(jì)算富集倍數(shù)的三種方法

?GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計(jì)算、

今天小編就接著來聊一聊如何用R做KEGG富集分析，并展示柱形圖，氣泡圖和通路圖。KEGG富集分析的結(jié)果相對(duì)于GO富集分析來說，要簡單一些，不會(huì)再分成更多的類別。KEGG的富集結(jié)果就只有一個(gè)類別，所以展示起來也相對(duì)容易一些。

柱形圖

氣泡圖

KEGG通路圖

pdf格式，矢量圖，紅色基因上調(diào)，綠色基因下調(diào)

png位圖，KEGG官網(wǎng)樣式的通路圖，但是只能導(dǎo)出為png格式，很多雜志是不接受png格式圖片的。但是小編確實(shí)在SCI雜志文章中看到過這種樣式的圖片。所以這個(gè)要看具體雜志的要求了，或者可以去做一些格式轉(zhuǎn)換。

我們還能批量的導(dǎo)出KEGG富集分析結(jié)果中，最顯著的前10個(gè)通路的通路圖

?完整的GO/KEGG富集分析及繪圖代碼的視頻講解

KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖