2019.10.1
添加環(huán)境變量：
永久式：1.echo $PATH

                    2. vim ~/.bashrc #  .bashrc 文件是個人用戶目錄下的環(huán)境變量文件，進入后在文件最后加入一行 （以安裝stringtie為例，stringtie-2下有stringtie的可執(zhí)行文件，只需要把目錄給環(huán)境變量，其會在這個目錄里找stringtie這個可執(zhí)行木目錄）

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/source后不出錯則添加環(huán)境變量成功。也可再次echo $PATH 查看環(huán)境變量，會發(fā)現(xiàn)新加了的PATH。

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2019.10.4
安裝R以及RStudio，安裝package時，方法一：> source("https://bioconductor.org/biocLite.R") #給一個可下載包的網(wǎng)址
> biocLite("ballgown") #雙引號內(nèi)為需要添加的包
R <- 和 = 都是賦值符號，但作用域不一樣，前者為local 后者為全局；

    使用getwd()函數(shù)來檢查R工作區(qū)指向哪個目錄，使用setwd()函數(shù)設(shè)置新的工作目錄。

`2019.10.6
運行Rstudio

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     如下圖

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      設(shè)定工作路徑和讀入表型文件：

微信截圖_20191006113240.png

    把表型文件賦給pheno_data ，然后Load ballgown data structures for each sample，但是這步出錯了，用traceback函數(shù)查看運行過程，如下圖：

微信截圖_20191006113538.png

解決辦法：把pheno.csv文件里的id改成和ballgown文件夾里一致，如下：

微信截圖_20191006114052.png

微信截圖_20191006114117.png

再次運行命令：bg_1 = ballgown(dataDir = "D:/biosoft/data/ballgown", samplePattern = "", pData=pheno_data)

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BWT/FM index 算法詳解鏈接：https://www.bilibili.com/video/av15743137?from=search&seid=14104311822831351060

2019.10.12
運行 ./sh 文件時出現(xiàn)報錯:-bash: xxx: /bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory 或者 : No such file or directory 時，
1，查看文件權(quán)限 chmod +x 文件
2，查看文件格式 set ff =unix （vim終端下）

2019.10.13
在用stringtie拼轉(zhuǎn)錄組時出現(xiàn)問題：
命令行： stringtie -p 16 -G ./new/T_thermophila_June2014.gff3 -o {i} ${i}_rmdup.bam
問題：WARNING: no reference transcripts were found for the genomic sequences where reads were mapped!
Please make sure the -G annotation file uses the same naming convention for the genome sequences.
注釋文件 ： T_thermophila_June2014.gff3 基因組序列文件：T_thermophila_June2014_gene.fasta

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 解決辦法：注釋文件gff3里需要改XXX？？，使用使用處理后的版本 T_thermophila_June2014_gene_name.gff3

2019.10.19
問題：featureCounts 之后報錯
1. ERROR: no features were loaded in format GTF. The annotation format can be specified by the '-F' option, and the required feature type can be specified by the '-t' option..
原因：使用單獨的轉(zhuǎn)錄本會有很多部分對不上。
解決辦法：注釋文件使用stringtie --merge之后的合并轉(zhuǎn)錄本

     2. ERROR: failed to find the gene identifier attribute in the 9th column of the provided GTF file.The specified gene identifier attribute is 'gene_name' The attributes included in your GTF annotation are 'gene_id'， 'transcript_id "rna...";'
      原因：用gene_name處理過的gff3文件，gene_name對應(yīng)著TTHERM號，但是并不是每一行的reads都有TTHERM號，所以報錯。
      解決方法：grep -f  'TTHERM'  xxx_merge.gtf > xxx_merge_grep.gtf