經(jīng)?？吹轿恼轮杏心欠N好漂亮的網(wǎng)絡(luò)圖，偶也想自己畫一個呢，但是不會咋整呢？
別急，今天本椒就分享一下用cytoscape畫互作網(wǎng)絡(luò)圖！
看一遍就會啦。。。還不會！那就多看幾遍哈。。哈哈。。。
好了，言歸正傳:
先來看張網(wǎng)絡(luò)圖
步驟如下：
第一，安裝cytoscape軟件。
????????軟件安裝比較簡單，給各位寶寶們貼一下官網(wǎng)網(wǎng)址https://cytoscape.org/ ，大家根據(jù)自己情況下載，這里就不展開了。
第二，整理畫圖的數(shù)據(jù)：
? ? ? ? 看了上邊的網(wǎng)絡(luò)圖，細心的寶寶會發(fā)現(xiàn)，其實網(wǎng)絡(luò)圖看起來復(fù)雜但本質(zhì)就是點和線的組合排列罷了。嗯啦，真精辟的總結(jié)，手動給你點贊啦。。。
? ? ? ? 畫圖的數(shù)據(jù)表格需要分兩個表（不要看到2個表格就暈，其實超級簡單的，因為計算機比較程序化（ben）...... 咱要用，就按這個ben的來拆就好了）
?1.首先需要一個點與點之間的關(guān)系表（線表，主角），貼一下表格，
? ???線表------溫馨提示：
? ? ? ? ?** 點與點之間的關(guān)系表主要是點與點之間的一一對應(yīng)的關(guān)系，比如我的GeneA與Gene001、Gene002、Gene003、Gene004等都有對應(yīng)關(guān)系，這里可不能偷懶，需要全部列出來；單列內(nèi)點編號可以重復(fù)，也就是一對多關(guān)系，但一般情況下，對應(yīng)關(guān)系最好不要重復(fù)，例如Gene001與GeneA、GeneA與Gene001只需要保留一對即可，特殊情況除外。
????????** 第3/4列是對前邊2個點之間的描述，2個點之間的關(guān)系可以是數(shù)量關(guān)系（上表Relation1，數(shù)值表示），也可以是邏輯關(guān)系（上表Relation2，英文表示），在實際操作中，有一種關(guān)系即可；如果只知道2個點有關(guān)系，但關(guān)系如何不明確的話，只有前2列也可得畫圖的（圖中展示的線一致，不可調(diào)整）。
?2.其次需要點描述表（點表，配角），貼一下表格，
??????點表------溫馨提示：
? ? ? ? **點描述表主要是單個點的外觀描述（俗說的高矮胖瘦黑白美丑啦。）；第1列是點的編號，這里的點包括線表里面的所有點，但沒有重復(fù)！因為一個點你告訴計算機他就知道啦
????????** 關(guān)于點的描述，可以有多列，但一種類型必須放在一列內(nèi)；如果你的點沒有描述信息，這個表也可以沒有。
好了。表格就整理完了，這兩個表就像它的命名：線表是主角，這個主角可咸可甜，不可或缺；點表是配角，配角可以張的很好看，但也可以沒有呀。。。一出好戲，當然是主角有料、配角也不弱才好。
所以，合理的表格配置是畫好網(wǎng)絡(luò)圖的關(guān)鍵！
**?注意： cytoscape導(dǎo)入的表格不能是xls格式,如果你的表格是xls格式，可以在文件夾下邊將后綴.xls改成.txt，然后就可以導(dǎo)入了。（點表線表都要改）
第三，先把點與點之間關(guān)系表（線表）格導(dǎo)入cytoscape：
在上邊彈出的對話框內(nèi)，選中線表，將線表中的列按如下設(shè)置
然后點擊OK，生成初步的網(wǎng)絡(luò)圖：
接下來，大家就可以對它進行美化了，我們之前在表格里面設(shè)置的描述性的信息，都可以派上用場了。
第四，把點表格作為Table導(dǎo)入，設(shè)置各個點的屬性：
** 注意線表和點表之間導(dǎo)入位置的區(qū)別
在上邊彈出的對話框內(nèi)，選中點表
框起來的部分是需要選擇的，根據(jù)你需要，選擇只對當前正在操作的網(wǎng)絡(luò)進行設(shè)置，或者針對全部網(wǎng)絡(luò)進行設(shè)置（因為cytoscape可以同時打開幾個網(wǎng)絡(luò)圖）。如果你不確定，就選當前操作的**only 咯。
** 點表輸入后，網(wǎng)絡(luò)圖不會發(fā)生變化，因為還需要你告訴計算機配角啥時候啥情景才能出場。預(yù)知如何美化，請繼續(xù)往下劃。。。
第五，設(shè)置點和線的展示方式：
點擊“style”，出現(xiàn)可以設(shè)置點、線的界面：
咱們首先來設(shè)置點的顏色，設(shè)置操作界面入下：
點擊1；
在2的位置，下拉選中點表里邊描述點顏色的表頭（我這里設(shè)置的是GeneColor）;
在3的位置選“Discrete Mapping“，在4的位置會自動顯示你設(shè)置的顏色類別；
4位置的每一行都可以被定義，雙擊顏色類別的后邊一格，會自動彈出兩個按鈕，單擊前邊的小按鈕則自動彈出色盤，選中顏色后點確認，顏色會自動填充到點內(nèi)，如果選擇的顏色不合適，可單擊后邊刪除小按鈕進行清除；之后再重復(fù)上邊選顏色步驟進行選擇。
來看看填完顏色的網(wǎng)絡(luò)圖：
下面，對點的性狀進行設(shè)置：
點擊1；
在2的位置，下拉選中點表里邊描述點形狀的表頭（我這里設(shè)置的是Character）;
在3的位置選“Discrete Mapping“，在4的位置會自動顯示你設(shè)置的形狀類別；
在4位置的每一行后邊單擊，會自動彈出形狀選擇對話框，選中形狀后點Apply確認，形狀會自動填充到點內(nèi)，如果選擇的形狀不合適，可最后邊的刪除小按鈕進行清除；之后再重復(fù)上邊的步驟進行性狀選擇。
來看看填完顏色和性狀的網(wǎng)絡(luò)圖：
現(xiàn)在來設(shè)置線的粗細進行設(shè)置，設(shè)置操作界面入下：
1.點擊“style”；2.點擊設(shè)置線的界面；3.點擊線寬設(shè)置
在4的位置，下拉選中點表里邊描述點點關(guān)系的表頭（我這里設(shè)置的是Relation1）;
在5的位置選“Continuous Mapping“（漸變，有數(shù)值時用），在6的位置會自動顯示線寬漸變界面；
雙擊6的漸變面積區(qū)，會自動彈出線寬漸變設(shè)置界面，計算機會匹配到線表里邊該列的最大值和最小值，可通過上下移動滑動圖標控制線寬，也可雙擊滑動圖標，彈出輸入值對話框，輸入數(shù)值后選確定，之后點擊OK健設(shè)置。
來看看填完點的顏色性狀線的粗細后的網(wǎng)絡(luò)圖：
這樣的圖看起來也還可以，但是如果想要把圖形風格進行調(diào)整，弄得跟開篇的圖一樣的，可以通過Layout選項卡進行改變。
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