R語言學(xué)習(xí)-GEO數(shù)據(jù)挖掘

根據(jù)教程準(zhǔn)備試著處理一下GSE的其他數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)對于多組數(shù)據(jù)很難簡單的復(fù)現(xiàn),待后續(xù)探索完善再補(bǔ)更;先復(fù)習(xí)LINUX;

(1)下載數(shù)據(jù)及讀取

rm(list = ls())

options(stringsAsFactors = F)

library(GEOquery)

eSet <- getGEO("GSE94648",

? ? ? ? ? ? ? destdir = '.',

? ? ? ? ? ? ? getGPL = F)

exp <- exprs(eSet[[1]])

exp[1:4,1:4]

pd <- pData(eSet[[1]])

gpl <- eSet[[1]]@annotation

save(pd,exp,gpl,file = "step1output.Rdata")

(2)多組數(shù)據(jù)GEO的R包處理

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