Pymol簡介

Pymol是一款操作簡單，功能強(qiáng)大的分子以及蛋白的可視化軟件，由薛定諤公司研發(fā)，科研人員可以從官網(wǎng)申請(qǐng)最新教育版本，同時(shí)pymo的開源版（https://github.com/schrodinger/pymol-open-source），可以直接從網(wǎng)站上下載，但是版本較老。所以，根據(jù)需求選擇版本進(jìn)行下載。

本次選用版本為pymol 2.3.0，直接從官網(wǎng)申請(qǐng)的教育版本。

1：界面

pymol界面分為菜單欄，命令行框，以及蛋白操作界面，蛋白展示界面。

2：Pymol 操作

內(nèi)容：導(dǎo)入蛋白，并顯示不同的形態(tài)。

DEMO：

（1）導(dǎo)入蛋白

a:直接命令行輸入

fetch PDBid

b:從PDB下載蛋白文件，從菜單欄file導(dǎo)入

（2）展示蛋白不同形態(tài)

此為pymol可以進(jìn)行蛋白展示的6種representation，

操作為：

pymol蛋白操作界面，點(diǎn)擊字母S，出現(xiàn)的框中，出現(xiàn)上述representation

3：Pymol蛋白動(dòng)畫制作

These make you look like a?master of PyMOL.

DEMO：制作一個(gè)簡單的蛋白旋轉(zhuǎn)動(dòng)畫

制作一個(gè)類似的動(dòng)畫，對(duì)于清楚的展示你做要表達(dá)的內(nèi)容十分重（la）要（feng）。

pymol的動(dòng)畫制作是一個(gè)比較繁瑣的流程翁，此處教授一個(gè)簡單的DEMO，方便入門。

流程：

Movie->Program->Camera->X-Roll->N Seconds

或者

Movie->Program->Camera->Y-Roll->N Seconds

導(dǎo)出流程：

File->Export Movie As -> MPEG->選擇GIF->save movie as->輸入文件名稱

So you just like a master.

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