文章內(nèi)容取自高遠(yuǎn)老師的R安裝升級(jí)后的若干規(guī)定動(dòng)作

1.前期的設(shè)定

主要為兩步：（1）給R包一個(gè)家
　　　　　?。?）給R包指兩條路
在RStudio打開(kāi)一個(gè)空白的腳本，先輸入file.edit('~/.Renviron')，點(diǎn)擊Run會(huì)打開(kāi)新的空白文本，輸入

R_LIBS_USER="D:/Rlib"
#指定R的附加包安裝目錄。

并關(guān)閉該文本，保存。此設(shè)定通過(guò) Renviron 文件為R自身設(shè)置一些環(huán)境變量，僅對(duì)R有效。
繼續(xù)在腳本中輸入file.edit('~/.Rprofile')，再次點(diǎn)擊Run打開(kāi)新的空白文本，輸入

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor

options("repos" =c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
        CRANextra="https://www.stats.ox.ac.uk/pub/Rwin"))
#cran

2.給你的R一個(gè)權(quán)限

找到電腦上R的安裝位置（圖中為R的默認(rèn)安裝位置），鼠標(biāo)右鍵R-屬性-安全，進(jìn)行下圖的操作
【重點(diǎn)】不論是“R屬性中的安全”還是彈出的“安全”窗口，一定要選到Users一行，再進(jìn)行編輯和權(quán)限更改。

R權(quán)限設(shè)置

Tips:此處為關(guān)于設(shè)定好目錄"D:/Rlib"后的補(bǔ)充
當(dāng)你在控制臺(tái)輸入

>Sys.getenv("R_LIBS_USER")
[1]"D:/Rlib"
>.libPaths()
[1]"C:/Program Files/R/R-3.5.1/library"

表明你新安裝的R包不會(huì)安裝在"D:/Rlib"中，由此我們進(jìn)行如下修改：
打開(kāi)"C:\Program Files\R\R-3.5.1\library\base\R"（默認(rèn)路徑）中的"Rprofile"，按照?qǐng)D中進(jìn)行編輯

編輯Rprofile

更換目錄的結(jié)果

3.試驗(yàn)——安裝bioconductor包

在RStudio腳本中輸入

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite()

下圖為給權(quán)限前后的區(qū)別

安裝結(jié)果比較

如果安裝bioconductor還有問(wèn)題，請(qǐng)把https://bioconductor.org/biocLite.R 下載到本地并打開(kāi)，在文件開(kāi)頭加入如下兩行命令并保存。

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor

options("repos" =c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
        CRANextra="https://www.stats.ox.ac.uk/pub/Rwin"))
#cran

接著使用source調(diào)用本地biocLite.R安裝。在腳本窗口中輸入

source("工作路徑/biocLite.R"）
BiocInstaller::biocLite()

4.結(jié)尾語(yǔ)

從此從bioconductor安裝包再也不用source了！

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