LNCipedia數(shù)據(jù)庫(kù)
https://lncipedia.org/ 只是人的lncRNA綜合數(shù)據(jù)庫(kù)
starBase數(shù)據(jù)庫(kù)
http://starbase.sysu.edu.cn/
目前我認(rèn)為是最綜合的數(shù)據(jù)庫(kù),包括人,鼠的RNA,miRNA,lncRNA,circRNA的綜合數(shù)據(jù)庫(kù),其中的miRNA靶基因均是經(jīng)試驗(yàn)驗(yàn)證過的,不同于targetScan
targetScan數(shù)據(jù)庫(kù)
http://www.targetscan.org/vert_72/
對(duì)miRNA靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)的數(shù)據(jù)庫(kù),還有一個(gè)是miRWalk,
miTarBase數(shù)據(jù)庫(kù)
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
對(duì)miRNA靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)的數(shù)據(jù)庫(kù)
TANRIC數(shù)據(jù)庫(kù)
https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html
是lncRNA研究的利器,是癌癥非編碼RNA的地圖集,包括20種癌癥,超過8000個(gè)樣品(用戶體驗(yàn)不太好,可能是由于自己網(wǎng)速太差了的原因)。
LncRNAdb數(shù)據(jù)庫(kù)
http://www.lncrnadb.org/
包含了有關(guān)RNA的參考信息,包括序列、結(jié)構(gòu)信息、基因組背景、表達(dá)、亞細(xì)胞定位、保守性、功能證據(jù)和其他相關(guān)信息
GENCODE數(shù)據(jù)庫(kù)
https://www.gencodegenes.org/
主要是注釋信息gtf文件,包括人和小鼠的轉(zhuǎn)錄本
參考文章:
https://cloud.tencent.com/developer/news/386861
http://www.360doc.com/content/18/0515/20/50540690_754224549.shtml