1、gdc的windows版本可能不穩(wěn)定，運(yùn)行終端命令出現(xiàn)如下錯(cuò)誤信息：

命令示例如下：

./gdc-client.exe download -m gdc_manifest_CHOL_clinical.txt -d clinical
./gdc-client.exe download -m gdc_manifest_CHOL_Rna.txt -d mrna

RStudio終端命令行顯示的錯(cuò)誤

在大牛的群里詢問(wèn)了一下，說(shuō)是軟件的問(wèn)題，有的人重新下載了gdc_client.exe再解壓也成功了。教授推薦可在linux上安裝gdc_client的linux版本，我在linux的conda環(huán)境下看了下，果然有這個(gè)軟件。

2、linux的conda環(huán)境下安裝gdc-client并下載數(shù)據(jù)

conda search gdc-client  #搜索conda環(huán)境下的gdc-client
conda install gdc-client=1.5.0  #安裝1.5.0版本的gdc-client
gdc-client --help   #判斷是否安裝成功
mkdir -p TCGA/CHOL/clinical   
cd ~/TCGA/CHOL/
mkdir -p mrna
echo 'export PATH=/trainee2/May5/miniconda3/bin/gdc-client/:$PATH' >> ~/.bashrc   #將gdc-client軟件位置添加到路徑中
source ~/.bashrc
echo $PATH
ln -s ~/miniconda3/bin/gdc-client  ./    #建立軟連接（使后面的命令簡(jiǎn)潔）
./gdc-client  download -m gdc_manifest_CHOL_clinical.txt -d clinical   #下載數(shù)據(jù)
./gdc-client  download -m gdc_manifest_CHOL_Rna.txt -d mrna  #下載數(shù)據(jù)

已驗(yàn)證過(guò)，可行。