計(jì)算FASTA文件中每條序列的長度
輸入文件fasta.txt

>con1
GTTCATAACTTACCATTGACTGTTCATGATTTAAACTGTGTCTTCCTGTTCTTTTAGTTGCTTTGGATACTATAAGGTCAGAACTAGAA
>con2
GGGACCAGGTGGGAAGCTGCTGCTTTCTTTTCCCTTTTGGTCTTCTTGGGCCCACCCTTCAGCTTCTGCTTTTCTTCATCTTCTCGGTTTTGAGGCCAGGAGGCAGCCAGTATCCTGGCCGCTTCTGCTTGAGAGCTGGTCCCCTCCTCT
>con3
TCCAGAGCCAGTTCCCTGACGATGCCGAGGTTTACCGGCTCATCGAGGTGACTGGCCTTGCCAGGAGCGAGATCAAGAAGTGGTTCAGTGACCACCGATATCGGTGTCAAAGGGGCATCGTCCACATCACCAG
>con4
TTTTCCTCCAAGTGTACAAGACTGATCTGGAGAAGGACATTATTTCGGACACATCTGGTGACTTCCGCA
>con5
GTTTGCATCGTCATCCAATTTTTTTTCATATGCCCCAAACCCATTCAATTTCTGATTGTGTTGTGTTCCCTGGTGTAAGATATCTCCCAGGAGAGGGCCACACATTCCCCAGAGGTGGACCTTCTTGGTACATACACC

?
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腳本如下，腳本名：get_fasta.pl

#!/usr/bin/perl
my ($f,$out)=@ARGV;
open(DATA,$f) or die "infile 文件無法打開,$f";
open(OUT,">$out")||die $!;
$/=">";<DATA>; #設(shè)置輸入記錄分隔符為">",并去除第一個">"
while(<DATA>){
    $line=$_;
    my $id=$1 if($line=~/^(\S+)/); #獲取序列ID
    chomp $line; #去掉末尾的換行
    $line=~s/^.+?\n//; #刪除第一行
    $line=~s/\s//g; #刪除序列中的空白字符
    my $len=length($line); #計(jì)算序列長度
    print OUT "$id\t$len\n"; #輸出結(jié)果到輸出文件中
}
close IN;
close OUT;

運(yùn)行腳本如下，腳本get_fasta.pl，輸入文件為fasta.txt ,輸出文件為out.txt

perl get_fasta.pl fasta.txt out.txt

得到輸出文件out.txt 如下：

con1    89
con2    150
con3    133
con4    69
con5    138