win10子系統(tǒng)ubuntu忘記密碼解決方案

https://blog.csdn.net/qq_35366294/article/details/121870828

Ubuntu fastQC的安裝

教程 https://blog.csdn.net/HUANWEIFENXI/article/details/124127201
FastQC官網(wǎng)：Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data

【Linux】conda: command not found解決辦法

https://blog.csdn.net/weixin_38705903/article/details/86533863
https://blog.csdn.net/qq_45175818/article/details/122984262

今天學(xué)習了如何在linux上安裝軟件

首先是下載miniconda

可以從https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/進入清華大學(xué)的鏡像開源網(wǎng)站
點擊要下載的版本右鍵復(fù)制鏈接#

'wget [連接]'#回車即可安裝
sh是腳本（就是一個程序，后臺的代碼）文件的后綴，也就是說其實這是一個下載的腳本，如果你安裝失敗了，這個腳本是不需要重新下載的，還是可以用的。

安裝完成之后

`bash [安裝包名稱]`#這里可以輸入幾個前面的字母之后用tab鍵快速識別鍵入
如果失敗了，要認真檢查，減慢速度
安裝成功不等于激活成功，不等于可以直接使用~這里給你兩個方案
方案一：你卸載重裝（rm -rf ~/miniconda3），并且注意每一步都yes
方案二：
你先運行：
echo export PATH=/home/$USER/miniconda3/bin:$PATH>>~/.bashrc
然后再：source ~/.bashrc

標紅的地方按快了嗎，默認no.jpg

激活

source ~/.bashrc來激活conda
命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏的信息說明成功了

添加鏡像

所謂鏡像網(wǎng)站，相當于主網(wǎng)站的副本，conda在國外，我們在國內(nèi)下載軟件速度會很慢，因此配置鏡像，從鏡像網(wǎng)站下載，可以加快下載速度。

# 使用中科大的鏡像,一行一行復(fù)制
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

開始使用conda

1.輸入conda list查看當前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表

image.png

2.安裝軟件

conda install fastqc -y【-y是yes，安裝過程中conda問你的問題全部回答yes，你可以試試不加-y有什么區(qū)別】

wget [軟件連接]#這是Ubuntu的下載方法 fastQC 前面有官網(wǎng)

3.確認fastqc軟件是否安裝成功

輸入fastqc --help，如果出現(xiàn)一大片文字，這是軟件的幫助文檔。因為只有安裝成功的軟件才能看到幫助文檔，所以出現(xiàn)了這篇幫助文檔，就可以確定已經(jīng)安裝成功。

4. 卸載軟件

conda remove fastqc -y

“conda 環(huán)境

生信實戰(zhàn)中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測序等多個項目。
每一個項目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的，比如A項目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本，怎么辦？
--別想了，辦法就是分身??！按照你的項目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不干擾。這個分身就是不同的“conda environment”。

先查看當前conda有哪些環(huán)境

conda info --envs#帶*號為默認

只有一個環(huán)境.png

建立環(huán)境

比如我們要處理轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)了，好，先建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic（這兩個可以一步完成）(這里指定python版本是因為有的軟件是基于python開發(fā)的，不是要你學(xué)python或者用它干什么。)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

image.png

再次查看環(huán)境

conda info --envs

兩個環(huán)境.png

激活新環(huán)境

conda activate rna-seq#星號*轉(zhuǎn)移到新環(huán)境

image.png

如果要退出當前環(huán)境，就運行conda deactivate

image.png