ZDOCK簡介

ZDOCK一種基于快速傅里葉變換的剛性蛋白對接程序，由University of Massachusetts Medical School創(chuàng)建。
ZDOCK會搜索兩個蛋白的所有的平移以及旋轉(zhuǎn)空間，然后給每一種可能的Pose進行打分，打分函數(shù)為基于能量的打分函數(shù)，其計算了勢能，空間互補以及電場力。
目前由兩個版本：3.0.3以及2.3.2.
本次教程使用2.3.2

操作

材料

ZDOCK上的算例

算例

（1）進入網(wǎng)站

http://zdock.umassmed.edu/
界面很簡單，兩個input protein，第一個input protein 在對接中會靜止不動，一般會將比較大的蛋白放上去。第二個input protein 在對接中會進行移動以及旋轉(zhuǎn)，一般放比較小的蛋白。
輸入你的email，你的Job的id號以及結(jié)果會發(fā)到你的郵箱，ZDOCK版本選擇2.3.2，其余不變。

ZDOCK界面

（2）使用算例進行運算

直接點擊最下面的example1的input。
出現(xiàn)以下界面，protein輸入有兩種模式，一種是將本地的PDB文件上傳，一種是直接輸入PDB id編號。

注：ZDOCK兩個蛋白對接的時候不允許出現(xiàn)相同的鏈名，如果出現(xiàn)相同的鏈名，你的結(jié)果會變得很奇怪，請手動進行選擇以及修改。

已經(jīng)選擇完畢的界面

（3）選擇binding殘基以及block 殘基

點擊提交按鈕
選擇binding殘基，意味著已經(jīng)預先知道可能有結(jié)合的殘基部位，即所謂的關(guān)鍵殘基。
而block殘基，意味著已知的對結(jié)合沒有作用的殘基部位。
通過上述兩者的選擇，可以有效的縮小對接范圍，產(chǎn)生所需要的構(gòu)象。
本次不進行殘基的選擇。
黃色的部位代表的是蛋白的可視化界面（其實沒多大用處）

殘基選擇

（4）等待結(jié)果

選擇完畢后點擊提交按鈕，下一個界面中選擇ok，知道最后出現(xiàn)這個界面，查看自己的郵箱，等待結(jié)果。

i等待結(jié)果

（5）下載結(jié)果

直接進入，第二封郵件，點擊鏈接進入下載界面。
Download Files中有四個選項：
ZDOCK Output：包含有配置以及打分信息，從第6行開始，最后一列為打分，紅框標出
Receptor PDB：輸入的受體蛋白文件
Ligand PDB：輸入的配體蛋白文件
Top 10 Predictions：打分最高的10個Pose
點擊Top 10 Prediction下載結(jié)果，解壓文件，使用可視化軟件進行查看，Pymol，Chimera，VMD等等。

郵件

下載界面

ZDOCK Output輸出界面

Pymol查看結(jié)果示意圖