11.基于TCGA構(gòu)建分析侵襲性乳腺癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

題目: The construction and analysis of ceRNA networks in invasive breast cancer: a study based on The Cancer Genome Atlas
DOI: https://dx.doi.org/10.2147%2FCMAR.S182521
數(shù)據(jù)集: TCGA數(shù)據(jù)庫
樣本:

mRNA and lncRNA: 1,208 個(gè), 包括 112 正常組織和 1,096 侵襲性乳腺癌組織
miRNA：1,193 個(gè), 包括 103 正常組織 和 1,090 侵襲性乳腺癌組織

分析方法:

R:limma包差異分析( log 2-fold change ≥2.0 and P-value <0.01)
miRcode (http://www.mircode.org/) ：lncRNAs and miRNAs， DElncRNAs and DEmiRNAs 預(yù)測
TargetScan(http://www.targetscan.org/), miRDB (http://www.mirdb.org/miRDB/),miRTarBase (http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/): miRNA–mRNA 預(yù)測
Cytoscape v3.0: 構(gòu)建ceRNA-LncRNA-miRNA網(wǎng)絡(luò)
Cytoscape plugin BiNGO: 富集分析

文章數(shù)據(jù)：

1.侵襲性乳腺癌的差異mRNA/lncRNA/miRNA熱圖，火山圖





2.侵襲性乳腺癌中的差異lncRNA–mRNA–miRNA ceRNA 網(wǎng)絡(luò)



3.差異mRNA富集分析結(jié)果

4.關(guān)鍵DElncRNA的生存曲線
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