conda安裝
conda官網(wǎng)：https://conda.io/miniconda.html
選擇自己合適的版本安裝
linux系統(tǒng)可使用以下命令
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #給執(zhí)行權(quán)限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #運行安裝程序
source ~/.bashrc #激活conda base環(huán)境
安裝軟件
添加軟件源（鏡像）
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
可以選擇添加清華鏡像，國內(nèi)比較穩(wěn)定
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
該網(wǎng)站可以搜索包含特定包的鏡像，下載時可以指定鏡像下載站
https://anaconda.org/
顯示安裝的頻道
conda config --set show_channel_urls yes
查看已安裝channels
conda config --get channels
已添加的channel查看
vim ~/.condarc
安裝更新軟件命令
conda install -c <channel> <software> #可以通過=指定軟件版本號
anaconda search -t <software>可以搜索目標文件的鏡像
下載特別大的軟件時可以將安裝包使用wget命令下載至本地，移動到conda的默認安裝包下載保存路徑miniconda3/pkgs
查看已安裝軟件
conda list
更新特定軟件
conda update gatk
卸載指定軟件
conda remove gatk
環(huán)境維護
可以根據(jù)不同目的創(chuàng)建多個環(huán)境用于不同軟件的安裝
查看目前已有環(huán)境列表
conda env list
conda info --envs
創(chuàng)建新環(huán)境
conda create -n python2 python=2
#-n: 設(shè)置新的環(huán)境的名字
#python=2 指定新環(huán)境的python的版本
退出環(huán)境
conda deactivate
刪除環(huán)境
conda remove -n [myenv] --all
通過yaml文件快速分享導(dǎo)出、分享conda環(huán)境
導(dǎo)出yaml
激活ngs-rna-pipe環(huán)境
conda activate ngs-rna-pipe
輸出當(dāng)前環(huán)境的文件配置
conda env export -f test.yaml
查看當(dāng)前環(huán)境的文件配置(默認保存當(dāng)前目錄)
cat test_env.yaml
創(chuàng)建基于yaml的環(huán)境
來源可以為網(wǎng)絡(luò)中其他人分享的yaml文件，方便分析流程的重現(xiàn)
conda env create --file environment.yaml
