1 下載

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2文件準(zhǔn)備

• ref.fa
• ref.gtf 或者gff3
• .vcf文件

3 gff文件轉(zhuǎn)換

用gff3ToGenePred與gtfToGenePred工具將gtf或gff3文件轉(zhuǎn)化為reference_refGene.txt

gff3ToGenePred.dms gff3  SP_refGene.txt

4 ref.fa 格式轉(zhuǎn)換

perl retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile ref.fa SP_refGene.txt

5 vcf格式轉(zhuǎn)換

perl convert2annovar.pl -includeinfo -allsample -withfreq \
  -format vcf4 sample.VCF >sample.avinput

 # --includeinfo: 輸出文件含有特定額外的信息
 # --allsample： 多樣本的vcf，輸出多個樣本的結(jié)果
 # --withfreq： 輸出文件包含頻率信息
# --format： 輸入文件格式

6 注釋

用table_annovar.pl進行注釋（可一次性完成三種類型的注釋, 本次只有基于基因)

perl ../table_annovar.pl  test.avinput sp/ --buildver SP --outfile myanno --protocol refGene --operation g 
 
 ##參數(shù)
 sp:    含有SP_refGeneMrna.fa和SP_refGene.txt文件夾
 --buildver: 基因組建立的版本
 --outfile： 輸出文件前綴
 --protocol： 逗號分隔的注釋流程，代表庫的名字
 --operation： g（gene），r（region），f（filter）

最終得到兩個注釋文件文件和一個log文件exonic_variant_function和variant_function