最后一天在豆豆花花的引導(dǎo)下成長
教程的知識總結(jié)特別好
是我一直接觸又疑惑的部分
喜歡這樣的系統(tǒng)歸納
真誠致謝

學(xué)習(xí)內(nèi)容

怎么區(qū)分一二三代測序
二代測序大體流程
NGS組學(xué)都包括哪些分類

測序過程和原理

• 原理介紹視頻：https://share.weiyun.com/5qojuBY 密碼： 密碼：bxsry4
• 文章《測序的世界》：http://www.itdecent.cn/p/101c14c3a1d2

Fastq & Fasta
Fastq格式：一種基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其測序質(zhì)量信息的標(biāo)準(zhǔn)格式,一般都包含有4行。
第一行：由‘@’開始，后面跟著序列ID和可選的描述，序列ID是唯一的；
第二行：堿基序列；
第三行：由‘+’開始，后面是序列的描述信息；
第四行：第二行序列的質(zhì)量評價(jià)(quality value)。
Fasta格式：

1：以“>”為開頭，fasta格式標(biāo)志。
2：序列ID號，gi號，NCBI數(shù)據(jù)庫的標(biāo)識符，具有唯一性。
格式為：gi|gi號|來源標(biāo)志|序列標(biāo)志（接收號、名稱等），若某項(xiàng)缺失可以留空，“|”保留。
3：序列描述。
4：堿基序列，序列中允許空格、換行、空行，一般一行60個(gè)。

Fastq文件→Fasta文件

Linux命令

法1：sed '/^@/!d;s//>/;N' your.fastq > your.fasta
法2：seqtk seq -A input.fastq  > output.fasta

FASTX-Toolkit

一款用于處理Short-Reads FASTA/FASTQ文件的程序，里面包含了豐富的Fasta/Fastq文件格式轉(zhuǎn)換、統(tǒng)計(jì)等命令。
http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/

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