在Rstdio軟件里使用DESeq2進(jìn)行致病疫霉及茄科植物的差異基因表達(dá)分析，茄科植物由于隸屬不同物種，各個(gè)基因有所差異，故優(yōu)先進(jìn)行縱向比較，即比較接種不同時(shí)間點(diǎn)下同一植物的基因表達(dá)水平，該部分的內(nèi)容已經(jīng)完成。目前致病疫霉差異基因表達(dá)分析進(jìn)行縱向比較時(shí)，差異表達(dá)基因如下：

圖 1 致病疫霉差異表達(dá)基因統(tǒng)計(jì)

根據(jù)差異表達(dá)基因的數(shù)據(jù)，能基本判斷出四種茄科植物對(duì)致病疫霉的抗性強(qiáng)度：Sme>Sae>Stu>Sly

但是，基于對(duì)照接種的清水，因此，跟0 h樣本比較時(shí)基本不可能檢測(cè)到下調(diào)基因。

因此，致病疫霉的差異表達(dá)基因從橫向比較，會(huì)更有生物學(xué)意義，即篩選致病疫霉在不同寄主上接種相同時(shí)間后的基因表達(dá)變化，能確定哪些基因在致病疫霉的侵染過(guò)程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。

即以非寄主Sae和Sme為對(duì)照, 比較接種24 和48 h后，在寄主植物Sly和Stu中，篩選致病疫霉顯著上調(diào)的基因，這些在寄主中顯著上調(diào)的疫霉基因可能在侵染過(guò)程中發(fā)揮重要作用。